军舰旗是舰船表示所属海军的旗帜。英语是Naval Ensign（直译为海军旗）。政府船只及商船等不会悬挂军舰旗，因这是根据军舰特权的限制。与陆军所使用的军旗［日本会给每一个联队（相当于团）授予一面联队旗］差不多，但在国际法上使用及赋予的地位则不大相同。军舰旗在战斗时也会作战斗旗使用，同时，与这个不同的国籍旗亦需在指定场合使用。

军旗是一个国家军队的标志，是一支军队的荣誉所在。清政府 时代最初并没有现代意义上的国旗、海军军舰旗，直到1881年9月在英国定购的“扬威”、“超勇”两艘巡洋舰回国后，为和国际接轨李鸿章经清廷批准制定了军旗、国旗的质地、章色。至1888年北洋海军正式成军后，国旗与海军军舰旗旗制度才得以进一步完善。

海军军舰旗：分一至四号。一号旗，横长一丈五尺六寸，直宽一丈六寸五分(499.2厘米×340.8厘米)，一等军舰及海口大炮台悬挂。

二号旗，横长一丈三尺九寸，直宽九尺五寸(444.8厘米×304厘米)，二等军舰及海口平炮台悬挂。

三号旗，横长一丈一尺五寸，直宽七尺六寸(368厘米×243.2厘米)，三等军舰及海口兵营悬挂。

四号旗，横长九尺六寸，直宽六尺三寸(307.2厘米×201.6厘米)，小船及舢板悬挂。

提督旗：原为五色立锚旗，后改为五色团龙旗。分一至五号，用于提督座船悬挂。一号旗，横一丈三尺五寸，竖九尺(432厘米×288厘米)。大舰用。

二号旗，横一丈一尺五寸，竖七尺五寸(368厘米×240厘米)。二等舰用。

三号旗，横九尺，竖六尺(288厘米×192厘米)。三等舰用。

四号旗，横六尺八寸，竖四尺五寸(217.6厘米×144厘米)。小蒸汽船及大舢板用。

五号旗，横六尺四寸，竖三尺六寸(204.8厘米×115.2厘米)。小舢板用。

鱼雷艇队统领旗：鱼雷艇队统领座艇悬挂。

大官旗：陆军总兵以及道台级别以上官员乘舰时悬挂。

队长旗：海军提督不在时，编队中舰长军衔最高的军舰悬挂。

天后旗：每月十五或妈祖祭日时悬挂。

值日旗：担任值日的军舰悬挂。

长旒旗：军舰航行时悬挂。

清末新建海军军官旗由来：甲午战败后，清政府决心重建海军，筹办海军大臣载洵因“各国办理海军，自海军大臣以下各长官均有特别旗式悬挂桅端，以辨等威”，于是仿照西洋样式设计海军旗，并于宣统元年七月初九(1909年8月24日)奏请清廷批准。

1912-1928年间中华民国海军的舰艏旗（五色旗）

1913年后的中华民国海军的军舰旗（青天白日满地红旗）

1949年-，中华人民共和国人民海军军舰旗

英国及旧英国殖民地的海军旗

英国皇家海军的军舰旗是白旗（the white ensign）。白地加红十字，在四分一的左肩上是国旗（英国国旗）。再者，蓝地是海军予备队旗，而红地的是商船旗。舰首旗与国旗同样。这种白旗型的军舰旗被曾是英国殖民地的国家广泛使用，作为海军的军舰旗。

俄罗斯海军军舰旗

成立俄罗斯联邦后，帝政俄罗斯时代的海军旗复活。俄罗斯海军的舰首旗在明治33年当时的绘画中出现。

苏联海军军旗

美国海军军舰旗

美国海军的军舰旗与国旗（星条旗）相同。

美利坚联盟国海军军旗

日本海军军舰旗

新加坡海军军旗

印度海军军舰旗

意大利海军军旗

比利时海军军旗

沙特阿拉伯皇家海军军旗