农业部动物检疫所（National Animal Quarantine Institute, Ministry of Agriculture）是 中华人民共和国农业部所属的一所承担动物检疫技术行政和科研任务的机构，设于山东省青岛市。1979年在原农业部农业生物研究所的基础上扩建而成。业务机构设有病毒、细菌、病理生化、中心仪器、寄生虫、鱼禽病、培养基、情报资料等室。

主要从事动物疫病的检疫、诊断的研究，特别是疑难病和国外病的诊断研究工作；同时承担全国动物检疫技术指导和检疫人员的培训工作；代农业部制定和修改全国动物检疫操作规程；承担进出口动物的内外检疫工作。此外，还进行技术咨询、技术情报服务和国际合作研究等业务。

设有第一诊断室、第二诊断室、第三诊断室、图书情报资料室、中心仪器室；设有行政办公室和业务处；设有党委办公室等。

检疫制度始行于15世纪时意大利的威尼斯港，被试用于防止鼠疫。17世纪末，欧洲各主要港口均设立了检疫机构，检疫对象也由人扩大到动物和植物。1857年，在巴黎召开的首次国际卫生会议对检疫程序标准化作了初步讨论。20世纪以来，兽医学、医药和公共卫生学等有关学科日益发展，交通和贸易日趋发达，动物检疫的内容和方法也更臻完善。