农业部南海区渔业生态环境监测中心成立于1985年，隶属中华人民共和国渔政渔港监督管理局领导，具有中华人民共和国渔政渔港监督管理局颁发的《渔业污染事故调查鉴定甲级资格证书》。主要从事南海区渔业生态环境的常规、专项及应急监测，污染事故调查和鉴定，建设项目对渔业资源及渔业生态环境的影响评价，以及开展渔业生态环境监测方面的科研工作。

多年来，承担农业部下达的“南海区重要渔业水域生态环境监测任务”，为我国《中国渔业生态环境状况公报》提供了基础数据。承担过多起国内和涉外重大渔业水域污染事故，多年来为维护我国渔业生态环境及国家权益提供了技术支撑。获得多项渔业生态环境监测成果奖励，曾被国家环保局评为“全国环境监测网络先进单位”和获得全国渔业生态环境监测“先进集体”。

中心现有人员15人，其中研究员4人，副研究员3人，有享受国务院特殊津贴专家2人，农业部突出贡献中青年专家2人，全部持有中华人民共和国渔政渔港监督管理局颁发的渔业污染事故鉴定资格证书。中心拥有各类实验室600平方米，配备有液相色谱、气相色谱、原子吸收、荧光分光光度计、原子荧光、连续流动注射分析仪、多参数水质分析仪等仪器设备30 台套。