农业部斑节对虾遗传育种中心建设项目于2007年立项，2008年开始建设，2010年7月完成全部建设内容。项目共新建实验车间3000平方米，改造实验室540平方米；改造实验池塘60；购置仪器设备5台套；项目合计完成投资571.4万元。

该中心是依托南海水产研究所深圳试验基地（广东省深圳市龙岗区南澳镇大亚湾南岸）建设。项目的实施较为明显地改善了南海所开展斑节对虾新品种选育及相关研究的基础设施条件，有力地推动了斑节对虾新品种选育的顺利进行。借助已建成的斑节对虾室外种虾养殖池塘等设施，南海所已开展斑节对虾选育基础群体、快速生长新品系和选育家系的种虾培育工作。

通过群体选育和家系累代选育，核心群体F5代生长速度比未选育对虾提高21.6%~24.4%。2009年以三亚和泰国基础群体规模构建家系94个，开展家系间的生长、饲料利用率、抗逆试验，以及大塘养殖生长测试数据，利用BLUP综合育种分析软件，得到了各家系的育种值。获得了生长速度和抗逆能力明显提高的家系5个，为家系选育提供了参考依据。通过近一年的养殖，获得了万余尾大规格的亲虾和后备种虾（体长13~20cm,体重40.5~139.1g），其中获得F5代亲体2000对，培育新品种苗种2130万尾，分别放养到广东、广西、海南等地。中心在建设和使用过程中很好地完成斑节对虾新品种选育任务，在斑节对虾新品种选育方面取得重要进展。

斑节对虾遗传育种中心目前承担的国家863项目，国家支撑计划子课题、农业（公益）行业专项、对虾产业技术体系、广东省科技计划等多个项目，其主要研究内容均为斑节对虾遗传育种和新品种选育工作，开展斑节对虾新品种评价技术及标准、优良品种苗种制种技术及标准、新品种营养需求、新品种的健康养殖技术和模式等研究。同时，该中心还是我国对虾遗传育种、苗种繁育、健康养殖、营养学、疾病防治等学科的人才培养基地之一。