为保证到2007年西部地区实现“两基”目标，保障“两基”攻坚县扩大义务教育规模的需要，解决制约西部农村地区普及义务教育的“瓶颈”问题，中央和省级人民政府共同组织实施“农村寄宿制学校建设工程”。即从2004年起，用四年左右的时间，中央财政投入资金100亿元，帮助西部地区新建、改扩建一批以农村初中为主的寄宿制学校；同时，在合理布局、科学规划的前提下，加快对现有条件较差的寄宿制学校和不具备寄宿条件而有必要实行寄宿制的学校进行改扩建的步伐，使确需寄宿的学生能进入具备基本条件的寄宿制学校学习。

在国务院领导下，西部地区各级人民政府为保障“农村寄宿制学校建设工程”顺利实施，采取了一系列保障措施，总体上开局良好，进展顺利。但是，随着“农村寄宿制学校建设工程”的深入实施，各地逐渐反映出一些亟待研究解决的问题，一是一些地方存在不按批准的规划和年度计划组织实施的倾向；二是一些学校在安全、卫生、饮食、集体活动的组织管理等方面缺乏经验、存在隐患；三是一些地方在工程实施中管理机构不健全，管理力量单薄，对工作缺乏指导和检查。特别是一些地方相关部门在工程的设计、勘查、招投标、监理等环节中收取了诸如放线费、绿化费、墙改费、城市建设配套费、可研报告费、散装水泥管理费、环境影响评价费、排污费、公证费、避雷设施费等30多项行政事业性或经营服务性收费。这些收费涉及10多个部门（系统），占工程总造价的10-20%，最高的近30%。工程实施范围以截至２００２年底尚未实现“两基”的西部３７２个县、新疆生产建设兵团的３８个团场为重点，并兼顾中部省份部分困难地区，包括约７７００所学校。建设内容以农村寄宿制学校的教学用房、学生生活服务用房和教学辅助用房的建设和改造为主。 截至２００６年底，已下达中央专项资金９０亿元，建设学校７６５１所，预计可满足新增学生１９５万人、新增寄宿生２０７万人的就学和寄宿需求。

为落实国务院领导提出的建设“民心工程”、“德政工程”的要求，使有限的工程专项资金真正用在建设上，用在孩子身上，发挥最大效益，教育部、发展改革委、财政部、国土资源部、建设部等五部门根据国务院领导指示研究制定了这个文件。文件的主要目的是要求地方各级政府和相关部门结合本地实际，出台优惠政策，尽量减免“农村寄宿制学校建设工程”建设收费，提高工程资金的使用效益，督促各地进一步采取切实措施加快工程进度、加强建设质量管理、保证“农村寄宿制学校建设工程”顺利实施。