万历三十八年（1610年）进士，
观政吏部，任平原知县。泰昌元年（1620年）八月考选为四川道监察御史，不久调广东道监察御史，弹劾辽东经略熊廷弼“无谋者八，欺君者三”，引起新皇帝
明熹宗的重视，召集九卿科道开会讨论熊廷弼问题，最后以熊廷弼去职告终。天启元年（1621年），辽沈陷落，熹宗复思熊廷弼，当初参过熊廷弼的冯三元及其他两名言官
张修德、
魏应嘉被降三级调外任。天启二年（1622年），广宁陷落，熊廷弼下狱论死，冯三元又被召还，任河南道监察御史。翌年，巡按浙江，回朝后升大理寺右寺丞。天启六年（1626年），升太常寺少卿。同年任都察院右佥都御史、协理院事，后升左副都御史。任上被指为“人柔不孚”。天启七年（1627年）四月称病致仕，加右都御史衔。崇祯二年（1629年）
钦定逆案，名列“结交近侍减等”，依照考察不谨例，冠带闲住。