不同物种生物大分子差异量（氨基酸或核苷酸替换数）只与所比较的生物由共同祖先变异以后所经历的独立进化时间（分歧时间）呈正比通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为分子系统树。

假设生物大分子进化速率相对恒定，则大分子的进化改变量与大分子进化所经历的时间呈正相关。换句话说，大分子的进化改变量是进化时间的函数，因而其可以作为衡量不同进化单位（例如物种）之间亲缘关系的指标。如果将不同种生物的同源大分子的一级结构做比较（假定这些大分子的结构已知），其差异量（氨基酸或核苷酸替换数）只与所比较的生物由共同祖先变异以后所经历的独立进化时间呈正比。用这个差异量来确定所比较的生物种类在进化中的地位，并由此建立系统树，称为分子系统树(Phylogenetic tree)。