功德使司，元代官署名。亦称都功德使司。

至元十七年(1280)置。设功德使，二十五年(1288)，改总制院为宣政院，以功德使司与宣政院之职能一致，故多由院使兼功德使，且以吐蕃全境军民财谷事体甚重，功德使司则主要从事运筹京师及大内兴办佛事，故屡有兴废。桑哥曾“领功德使司事”。三十一年(1294)撤；大德七年(1303)复置；至大四年(1311)以延庆司并入功德使司；延祐四年(1317)又析出延庆司；泰定三年(1326)再废；天历二年(1329)以功德使司所掌之事归宣政院；至顺三年(1332)复立，以迄元亡。

掌奏帝师所统僧人并吐蕃军民等事。

秩从二品。