加工仓库是指承担储存与加工双重职能的仓库。对某些必须进行加工整理后才可发运的商品，可以设加工专用仓库，就库存商品进行挑选、整理、加工、包装、储运，然后出运。如农副产品、畜产品、中药材等加工仓库。

有农副产品加工仓库和工业品加工仓库。它将购进的某些农副产品(如药材、禽蛋，水产品、瓜果等)和工业品进行挑选、整理、分等，包装等加工业务，然后发运出去。一般是进出的批量小，规格多、时间紧，吞吐频繁，要注意加工、储存、分发、装运之间的相互衔接，以防差错。

加工仓库是商品保管与加工相结合的流通仓库，主要职能是根据市场的需要，对储存的商品进行选择、整理、分级、包装等进行简单的流通加工。兼有加工功能的仓库是物流企业仓储服务发展的趋势。