化学空间（chemical space）是通过对每一个分子计算一系列的分子描述符，用这些描述符来刻画其性质，并用这些数值作为一个个点构成多维空间，将化合物映射到多维空间中的一个点，通过判断多维空间中两点之间的距离来对比分子的相似性，进而推测两个化合物性质的相似性。

为了阐明多靶点及多途径协同作用的中药机理，从而指导从中药中发现一种分子能抑制多种蛋白的药物以及组合药物，联系中药学与西方现代药学的一条可行的途径是研究中药中的活性分子在生物活性空间的分布。

化学空间是通过一些特定选择的描述符来描述化合物的性质，所形成的多维描述符空间。由所有描述符所形成的化学空间是非常巨大的，它包括原则上可以产生的所有基于碳原子的小分子。然而，并不是所有理论推测的化合物都有合成的可能性。从巨大的化学空间中识别出包含活性分子的区域构成了靶标-配体空间，即药效空间（Pharmacologic space），是药物发现的关键所在。药物开发者可以利用对药物分子、类药分子以及各种具有生物活性分子的化学空间分布的研究，把它们用于高通量筛选以找到具有所需药效作用且副反应较小的新的药物分子。