北京中医药大学管理学院始建于1983年5月，原称培训部，同时是卫生部在全国指定建立的七所管理干部培训中心之一，也是唯一的一所中医卫生管理干部培训基地。1987年改称卫生管理系，2000年改称为管理学院。
管理学院的主要任务有两个，一是进行学历教育，面向全国招生，现有研究生、七年制本硕连读（中医专业医院管理研究方向）、本科生等多个教育层次。二是为全国中医药事业、企业机构进行管理干部培训。设有三个专业：
公共事业管理专业、
工商管理专业、
中医专业（医院管理研究方向，七年制本硕连读）。一个硕士点：
社会医学与卫生事业管理专业硕士点。管理学院已经实行并将继续推进教学管理制度的改革。实行奖学金、贷学金制度。主辅修制，鼓励优秀学生辅修第二专业，跨院系、跨专业等选修，拓宽知识面，培养复合型人才。
管理学院教学机构健全，拥有一座面积1700平方米的教学办公楼。
公共事业管理教学部、工商管理教学部、专业基础教学部和公共基础教学部；两个实验室：科研实验室和教学实验室。
学院另外设有培训部，主要承担行业主管部门委托的中医药机构管理干部继续教育培训任务，开办各种层次的中医药管理干部在职的专业学历教育与非学历教育，并接受中医药企、事业单位委托的各项培训工作。
学院已经成立和正在筹建的研究机构包括：卫生经济研究所（中医医疗机构成本测算中心、中医药统计中心）、医院管理研究所、药事企业管理研究所（药事管理与咨询中心、企业诊断中心）、心理学研究所、东方管理研究所。
管理学院拥有一支热爱教育事业，有较高教学、科研水平的师资队伍。多年来为国家培养了一大批中医药管理人才，教学水平逐年提高。在教学基地建设上，注重学生的实践能力培养，已和
国家中医药管理局机关、国家药材总公司签订了长期共建的教学协议，同国家教育部高教司、卫生部办公厅、医政司、东直门医院、广安门医院、西苑医院、永定路医院、世界卫生组织合作的朝阳区10万人口的社区、中医药大学实验药厂建立了教学实习关系，通过实习，使学生毕业后能尽快地适应社会的需求。
管理学院特别重视科学研究工作，90年以来在国际期刊与
国家级杂志上发表论文100余篇，出版专著12部，编写了一批适合本科专业需要的教科书，并承接各类科研课题多项，其中国家项目3项；省部级项目18项；校级课题17项，并获得多项科研成果奖；90年以来，获得国家科技进步三等奖1项；省部级科技一等奖1项、二等奖5项（其中获得国家教委科技进步一等奖，是医药行业在国家教委获得的唯一的一等奖），校级科技进步一等奖2项，二等奖2项。
管理学院“十五”及2010年发展的长远目标是经过五到十年的努力，使我院形成本科五年制、七年制和硕、博士研究生教育等多层次的教学体系，成为行业同类教育的排头兵和全国同类教育中具有鲜明办学特色，一定的学科优势，集教学、科研为一体的办学单位。在行业内成为中医药管理部门、中医药事业单位和企业提供决策、咨询服务的参谋部、信息库、智囊团和政策研究室。