2017年11月21日 ，科技部关于批准组建北京分子科学国家研究中心 。

2003年11月，科技部批准筹建第一批5个国家实验室，北京分子科学国家实验室为其一，依托北京大学和中国科学院化学研究所建设。

2007年12月，国家实验室通过建设计划论证，正式开始筹建北京分子科学国家实验室。

2015年05月，北京分子科学国家实验室（筹）通过主管部门教育部和中国科学院组织的的总结验收和发展规划论证。

2017年06月，按照科技部要求，提交北京分子科学国家实验室（筹）总结验收报告。

2017年10月，科技部基础司组织召开国家研究中心组建工作论证会，席振峰主任代表汇报北京分子科学国家研究中心组建前期工作基础及未来发展规划，与会专家一致认为中心符合组建条件，建议尽快启动。

2017年11月，科技部下发批准组建北京分子科学等6个国家研究中心的通知。

2018年02月，通过了科技部基础司会同财政部科教司组织的对北京分子科学国家研究中心建设运行实施方案专家论证会。

国家研究中心是适应大科学时代基础研究特点的学科交叉型国家科技创新基地，是国家科技创新体系的重要组成部分。为深入学习贯彻党的十九大精神，加强基础研究和创新能力建设，依据《国家科技创新基地优化整合方案》的任务要求，科技部会同有关部门启动国家研究中心组建工作。根据专家论证意见，经研究，决定批准组建北京分子科学等6个国家研究中心。

（1）物质结构与分子动态学研究部；

（2）合成与组装化学研究部；

（3）无机与稀土化学研究部；

（4）高分子科学与材料研究部；

（5）低维碳材料与纳米科技研究部；

（6）化学生物学研究部；

（7）有机固体研究部；

（8）分析与环境科学研究部；

（9）能源与绿色化学研究部。