北京呼吸疾病研究所成立于1999年6月，挂靠于
首都医科大学附属
北京朝阳医院。八年来在医疗、教学、科研各方面做了大量富有成效的工作，发表了500余篇论文，主编或参编专著22部，培养了大量年轻的呼吸病学专业人才。已成为北京乃至全国的呼吸病防治研究基地。
呼吸所已与全国142家二级以上医院建立业务合作关系，开展广泛的业务交流及平台会诊。WHO烟草或健康合作中心已连续14年设在我所，成为我国在这一领域的合作中心。每年招收全国各地的进修医生60余人，25年来已为国家培养了600余名呼吸病专业人才。
呼吸内科共有医护人员101人，有硕士、博士学位的中青年医生占90%，博士生导师2人，硕士生导师4人。总床位94张，其中普通病房84张，重症监护病床6张，
睡眠呼吸障碍监测和治疗病床4张。设有呼吸生理实验室、呼吸内镜诊疗室、呼吸康复诊疗中心等。平均每年收治病人1500例左右，治愈好转率达86%，
床位使用率93.5%，平均住院时间为18天左右。承担着
首都医科大学本科生教学工作，已成为硕士、博士研究生及博士后研究人员的重要培养基地。
胸外科床位总数为34张，术后监护病床4张。技术力量雄厚、专业人员齐备。主任医师2名、副主任医师3名、主治医师3名；研究生导师2名、博士生2名、硕士生3名。开展了全部普胸手术，疾病诊断率、手术成功率及病人存活率均达到全市一流水平。在肺癌、食管癌、
纵隔肿瘤及气管疾病等方面处于国内先进水平；开展了胸部
恶性肿瘤围手术期的辅助化学治疗，达到了满意的疗效，每年可完成300余例普胸手术，承担着北京市东部地区的各种胸部外伤的抢救工作。胸外科开展微创手术近十年，
胸腔镜手术已完成肺大泡切除、纵隔及食管病变切除等手术几百例，达到创伤小、痛苦少、术后恢复快、住院时间短等满意效果。
慢性阻塞性肺病的外科治疗是我科的特色项目，开展治疗肺气肿的新方法—肺减容术（LVRS），不论在手术例数上还是科研方面均保持全国领先地位，使肺气肿晚期患者1年生存率从51%提高到89%，
呼吸困难明显缓解，生活质量显著提高，给中晚期肺气肿患者带了光明与福音。
世界卫生组织（WHO）烟草或健康合作中心在流行病学调查和人群教育方面居国际先进水平，1984年全国50万15岁以上人群吸烟情况调查，是世界上规模很大的流行病学调查，填补了国内在这一方面的空白，为制定我国的控烟战略提供了科学依据。其工作多次受到世界卫生组织的表彰并两次被授予奖状、奖牌。
呼吸基础实验室设有病理生理研究室、血液研究室、分子医学研究室、细胞免疫研究室、生化研究室等，是在国内比较有影响的大型科研实验基地。多年来，在
翁心植院士、都本业教授、
王辰教授、庞宝森主任的带领下，参加了国家“七五”、“八五”、“九五”、“十五”科技攻关课题、国家自然科学基金课题、北京市自然基金课题、北京市科委课题的工作，在
慢性阻塞性肺疾病、
肺血栓栓塞症、哮喘、
肺间质纤维化、
急性肺损伤、肺部感染、吸烟与肺损伤等肺部疾病的发病机理与防治方面进行了多方面的研究，曾获北京市科技进步一等奖1项、三等奖6项，中华科技二等奖1项。在国内外发表学术论文80余篇。协助40余名硕士、博士研究生及博士后研究人员完成其科研论文。