北京大学医学出版社(Peking University Medical Press)成立于1989年8月，是中央级专业出版社，也是教育部直属的重点大学出版社。前身为
北京医科大学、中国协和医科大学联合出版社；1999年3月独立建社，更名为北京医科大学出版社；2002年8月经新闻出版总署批准，更名为北京大学医学出版社。
北京大学医学出版社设有如下几个部门：办公室、总编室、一编室、二编室、三编室、四编室、综合编辑室、电子出版编辑室、国际合作部、ELESIVER编室、审读质检室、出版部、市场部、营销部、财务部、读者服务部 、书库、网上书店。
北京大学医学出版社建社以来，共出版医学图书2000余种，发行1800余万册。近70余种图书获部、委以上奖，其中《血管生物学》、《
消化系统疾病电子内镜图谱》获“中国图书奖”，《科学防治 战胜非典》获第六届国家图书奖特别奖，《
泌尿外科内镜诊断治疗学》获中华优秀出版物（图书）奖。被国家教育部确立为“先进高校出版社”；曾经三次被国家新闻出版总署评为“全国良好出版社”；三次被国家卫生部评为“杰出科技著作突出贡献出版社”。
北京大学医学出版社建社以来，始终坚持为社会主义服务，为人民健康服务，为医学教育、科研和医疗卫生服务的办社宗旨，出版物以高质量、高品位、高水平、多层次著称，赢得了作者、读者以及出版界业内的认可。