北京大学医学部校徽图案主体由蛇杖、橄榄枝叶、阿拉伯数字“1912”、圆形外环以及中、英文字组合而成。

北京大学医学部校徽标识图案借鉴了国际卫生组织通用的标准蛇杖图形，蛇杖与橄榄枝分别象征生命和希望。彰显出北医学者关爱生命的人文精神。双环结构代表北医的凝聚力，同时，也与北京大学校徽相呼应。

作为医学界最为悠久、最为常用的视觉元素、象征着驱除病魔、追求健康，体现了北医学者担负生死、救死扶伤的责任，同时也强调了北医的学科领域和行业特征。

舒展的绿叶象征生命与健康，表达了对生命的美好寄托，表现了北医学者关爱生命、呵护健康的人文精神；饱满的橄榄枝叶似成熟的稻谷，有北医学术成果丰硕、学生桃李天下的美好寓意。另外通过适当的调整字与图形间的距离使得各元素之间更加严谨，有整体感。标识整体看起来显得饱满、精致、庄重。

借鉴国际卫生组织通用的标准图形，并做了视觉加工、形态简洁大方，彰显出北医追求健康、呵护生命的积极形象。绿叶通过视觉加工显得圆润舒展，象征生命之树长青；绿叶交叉处巧妙地构成了展翅飞翔的鸟的外形，表达了对生命的渴望，也表现出北医学子志存高远，体现了北医的办学理念。