北京大学口腔医院第三门诊部是北大口腔医院第三个独立的分支机构，是以口腔综合治疗为特色，同时还承担一定教学和科研任务的口腔专科诊疗机构。第三门诊部成立于2003年，位于北京市海淀区花园东路高德大厦A座2层及3层，现有诊疗面积约1500平方米，设有33台口腔综合治疗椅。执行北京大学口腔医院统一的医疗质量管理制度和收费标准，单位性质为国有非营利性，属于北京市基本医疗保险定点专科医疗机构。法人代表为北大口腔医院郭传瑸院长，门诊部主任为丁云主任医师。
第三门诊部现有员工124人，其中医生50人（硕士及以上学历的占80%），护士61人。门诊部医疗团队由多名专家和专科医师组成，员工多为
北京大学口腔医学院毕业的优秀医护人员。通过合理的学科规划和资源整合，三门诊现设有综合一科、综合二科、综合三科、正畸科、儿童口腔科5个临床科室以及放射科、消毒室等医辅科室，形成了以口腔综合治疗为特色，同时涵盖专科治疗的医疗格局。除了开展洗牙、拔牙、补牙、镶牙、牙齿矫正等常规口腔治疗外，还开设特色口腔医疗项目，如舌侧
隐形矫治、CEREC椅旁CAD/CAM修复、冷光美白、无托槽隐形矫治、显微根管治疗以及牙齿种植治疗等。