北京大学基础医学院的前身是1954年9月14日成立的北京医学院基础医学部（简称基础部）。1960年2月改称基础医学系。1985年5月成立北京医科大学后，正式更名为基础医学院。2000年4月北京大学与北京医科大学合并后，更名为北京大学基础医学院，是北京大学医学部下设学院。

1954年9月14日成立北京医学院基础医学部（简称基础部）。

1960年2月改称基础医学系。

1985年5月成立北京医科大学后，正式更名为基础医学院。

2000年4月北京大学与北京医科大学合并后，更名为北京大学基础医学院。

学院主要从事生物医学领域的基础及应用基础研究，拥有雄厚的科学研究综合实力。2012-2016年获得部委和北京市科技成果奖7项，其中尚永丰院士等“乳腺癌发生发展的表观遗传机制”获2016年度国家自然科学奖二等奖。获得国家及国际发明专利37项, 自主研发的I类新药“新型特异性肿瘤显像剂”等多项专利实现技术转让或产业化开发。2012-2016年以第一作者或通讯作者单位发表的SCI论文1141篇，包括《Cell》、《Cancer Cell》、《Cell Stem Cell》、《Nature Immunology》、《Cell Metabolism》、《Molecular Cell》等权威期刊。2012年-2016年获批各类科技项目476项，获科研经费42749万元。其中，获批国家自然科学基金项目270项，资助经费合计25557万元；获得国家973计划、重点研发计划、科技支撑计划、“科技重大专项”课题31项，批准资助经费8737万元。2013年，朱卫国教授负责的蛋白质翻译后修饰与肿瘤发生发展及转移的分子机制研究团队,获批国家自然科学基金创新研究群体；邓宏魁教授负责的干细胞与再生生物学研究团队入选教育部创新团队，2015年获批国家自然科学基金创新研究群体。

学院近年来逐渐加强生物技术和医药产品的研究开发及与国内外大型医药企业的合作，在科技开发工作中也取得一些重大进展。在基因工程药物、肿瘤的免疫治疗、肿瘤显像剂、干细胞转化医学、电针镇痛与戒毒、诊断试剂研制等领域，一批新开发项目已取得动物实验或临床试用的良好效果，具有很好的应用前景。

学院还十分重视国际间的交流与合作，注重借鉴世界先进的医学研究成果和教学经验，不断提高自身整体办学水平。已与几十所世界一流医学院校和科研机构开展了项目合作研究、人员交流、合作举办国际会议等多种形式的合作交流，建立了广泛的深层次联系。

历经60余年的发展历程，北京大学基础医学院已成为中国国内著名的、以发展多层次基础医学教育、研究人类生命科学和防治疾病的基础理论为主要目标的教学科研中心之一，是国家基础医学领域高级专门人才的培训基地之一。

基础医学院现设14个学系，2个研究所及1个医学实验教学中心，拥有7个省部级重点实验室。学院实施“优先发展重点学科，强化传统学科和医教保障学科，促进学科交叉、打造学科高峰”的学科发展战略。

科研平台有：

2017年，学院新批各类科技项目104项、科研经费14055万元（不含“双一流”项目），获批科研经费创历史最高记录。其中，科技部项目课题、子课题20项，批准财政经费8135万元，邓宏魁教授、张炜真教授牵头申报的国家重点研发计划项目批准立项；吴聪颖研究员获批国家重点研发计划“青年科学家项目”，这是我院首次获批“青年科学家项目”；国家自然科学基金项目47项，直接经费4068元，其中，获批重点项目5项、重点国际合作研究项目1项、重大研究计划重点支持项目1项，集中受理期国自然基金项目中标率40%。

2017年全院发表论文合计391篇。其中以第一作者或通讯作者单位发表SCI论文291篇，IF＞9高影响论文19篇，论文水平和学术影响力持续提升。邓宏魁教授团队取得多潜能干细胞及细胞谱系重编程研究重要进展，论文发表于《Cell》及《Cell Stem Cell》。

尚永丰等“乳腺癌发生发展的表观遗传机制研究”获国家自然科学奖二等奖；朱卫国等“组蛋白修饰酶类参与肿瘤细胞氧化应激的机制研究”获北京市科学技术奖二等奖；尹玉新等“抗癌基因PTEN在维持基因组稳定性中的作用及其机理研究”和李刚等“甲胎蛋白作为信号分子在肝癌发生发展中的作用”分获中华医学科技奖二等和三等奖；王韵教授获“五洲女子科技奖-基础医学科研创新奖”。 2017年申报受理国家发明专利16项，获得授权14项，包括美国授权发明专利1项。

2017年全院主办/联合主办“北京癌症研究国际研讨会”等国际国内学术会议16次，举办“北京大学基础医学院院长论坛”18次。

基础医学院承担医学部基础医学、临床医学、口腔医学、预防医学、药学、护理学、医学英语、医学实验学、医学检验学等专业的基础医学课程教学。每年完成3000余名学生的30余门必修课、20余门选修课的多轨道、多层次教学任务。学院现有国家级精品课程9门，北京市级精品课程10门；7门国家级精品资源共享课；2005年和2009年共有两项教学成果获国家级教学成果二等奖和北京市一等奖，2012年有一项教学成果获北京市教学成果一等奖；2010年学院被评为”北京市模范集体；2006年和2008年生物医学实验教学中心分别被评为“北京市高等学校实验教学示范中心”和“国家级高等学校实验教学示范中心”；2007年、2008年和2010年病理学、免疫学及人体解剖学分别被评为“教育部双语教学示范课程”；2007年和2010年“生理学科创新人才培养教学团队”被评为北京市优秀教学团队及国家级教学团队，2009年“生物化学与分子生物学学科创新人才培养教学团队”被评为北京市级优秀教学团队及国家级教学团队； 2008年“基础医学”专业被评为北京市特色专业；2013年北京大学生物创新实践基地被评为北京高等学校示范性校内创新实践基地建设单位，6人获北京市教学名师奖；2011年1人获宝钢教育基金会优秀教师特等奖；2012年1人获“北京市师德先进个人”荣誉称号。

北京大学基础医学院主要有普通基础课、医学基础课、临床医学课、专业课（包括分子生物学、酶与核酸化学、分子免疫学、生物物理学、神经科学、实验核医学、细胞生物学研究方法及实验技术、生物医学实验技术等）。在教师指导下参加专业教学见习与科研专题训练，在获得学士学位资格后，可直接进入二级学科培养。完成全部学业课程考试合格，达到学校的各项要求者，颁发医学博士毕业证书；符合学位授予规定者，授予医学博士学位。

毕业生可到高等医学院校、医学科研院所和医疗机构从事教学、科学研究工作。

基础医学院现设14个学系，2个研究所及1个医学实验教学中心，拥有7个省部级重点实验室。学院实施“优先发展重点学科，强化传统学科和医教保障学科，促进学科交叉、打造学科高峰”的学科发展战略。

2017年学院组织整合各二级学科规划，制定实施“十三五”《基础医学学科建设方案》。44项“双一流”项目，获4078万元经费支持。启动实施重点学科建设、高峰学科试点、跨学科研究、基础研究专项及青年科技专项等。优化完善重点实验室、系统生物医学、感染病中心等原有平台。启动建设计算生物学、双光子活体成像技术、高血压精准医学、肿瘤免疫与细胞治疗等前沿技术平台。

2017年12月教育部公布第四轮学科评估结果，学院“基础医学”一级学科以“A+”成绩再次位列全国高校榜首。2017年9月“基础医学”入选“双一流”建设学科名单。医学免疫学卫计委重点实验室“十二五”评估结果获评“优秀”；神经科学卫计委重点实验室“十二五”评估结果为“良好”。

积极开展人才引进。2017年引进或正在引进国内外高级人才7人，首次开展引进人才Tenure评估。加强了引进人才中期评估和届满评估。

大力培养青年人才。深入实施第二期“基础医学院青年教师导师制”项目；积极参与配合“北京大学青年医学科技创新发展联盟”的建设运行；近年有7名留院优秀博士毕业生获得学校“优博培育计划” 支持。

姜长涛入选第三批国家“万人计划-青年拔尖人才”。

加强博士后队伍建设。显著扩大进站规模，往年进站6-7人，2017年进站23人。

提高博士后待遇和岗位吸引力，提升博士后培养质量和科研作用。

基础医学院研究生党总支深入开展“不忘初心、牢记使命”主题教育

2019年9月至11月，按照党中央关于开展“不忘初心、牢记使命”主题教育的总体工作安排，北京大学基础医学院研究生党总支根据自身特点和前期工作基础，开展了一系列理论学习、教育实践、调研座谈和检视整改活动。