《北京大学学报（医学版）》创刊于1959年，是由中华人民共和国教育部主管，北京大学主办，中国国内外公开发行的综合性医药卫生学术期刊。

1959年，《北京医学院学报》创刊，由北京医学院主办。

1985年，北京医学院更名为北京医科大学，《北京医学院学报》也更名为《北京医科大学学报》。

据中国知网收录信息显示，1987年改刊由季刊变更为双月刊。

2000年4月，《北京医科大学学报》主办方北京医科大学与北京大学正式合并，并与同年的5月4日，正式更名为北京大学医学部。

2001年，《北京医科大学学报》更名为《北京大学学报（医学版）》。

2013年1月14日，《北京大学学报（医学版）》第九届编辑委员会第1次全体会议在北京大学医学部举行。

2014年12月，该刊成为中国国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

《北京大学学报（医学版）》主要刊登具有中国国内外先进水平的基础医学、临床医学、预防医学、生物医学、药学及与医学有关的边缘学科的高水平、高质量的研究论文。

《北京大学学报（医学版）》主要设有述评、专家笔谈、论著、疑难/罕见病例分析、科研快报、重要进展简报、技术方法、病例报告、短篇论著、工作综述、综述、学科交叉等栏目。

《北京大学学报（医学版）》主要读者对象为医药卫生科技人员。

据2018年11月《北京大学学报（医学版）》官网显示，《北京大学学报（医学版）》第九届编辑委员会共有顾问6人、编委62人、特邀编委10人。

2018年9月7日，北京大学常务副校长、医学部主任詹启敏院士，医学部主任助理朱树梅等一行到《北京大学学报（医学版）》编辑部调研，双方围绕学报的工作发展建设展开了座谈。

据2018年11月17日中国知网显示，《北京大学学报（医学版）》出版文献共9076篇。

据2018年11月17日万方数据知识服务平台显示，《北京大学学报（医学版）》载文量为4084篇。

据2018年11月17日中国知网显示，《北京大学学报（医学版）》总被下载999973次、总被引52867次；（2018版）复合影响因子为1.463、（2018版）综合影响因子为1.184。

据2018年11月17日万方数据知识服务平台显示，《北京大学学报（医学版）》被引量为29761、下载量为298430；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《中南大学学报（社会科学版）》影响因子为0.486，在全部统计源期刊（6735种）中排第300名，在大学学报（医药卫生）（114种）中排第1名。

据2018年11月《北京大学学报（医学版）》官网显示，《北京大学学报（医学版）》被美国医学文献分析和联机检索系统（MEDLINE/PubMed）、美国EBSCO、美国化学文摘数据库及其《化学文摘》（CA）、荷兰《医学文摘》（EM）、荷兰《文摘与引文数据库》（Scopus）、波兰《哥白尼索引》（IC）、俄罗斯《文摘杂志》（PЖ）和世界卫生组织《医学增补文摘》（ExtraMED）收录、世界卫生组织西太平洋地区医学索引（Western Pacific Region Index Medicus）、日本科学技术振兴机构文献数据库（JST）、中国科技核心期刊数据库、中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）、中国科学引文数据库（CSCD）、中国生物医学文献数据库（CBMdisc）、中文生物医学期刊文献数据库（CMCC）和《中文核心期刊要目总览（1992年第一版、1996年第二版、2000年版、2004年版、2008年版、2011年版、2014年版）》、《中国医学文摘》、《中国生物学文摘》、《中国药学文摘》和《中国学术期刊文摘》（CSA）、万方数据知识服务平台、中国期刊网和中国学术期刊网络出版总库（CNKI）等中国国内外数据库收录。

1992年，获得全国优秀科技期刊评比三等奖。

1997年，获得全国优秀科技期刊评比二等奖。

2004年，获得全国高校优秀科技期刊评比一等奖。

2004年至2007年，连续4届入选“中国百种杰出学术期刊”。

2009年，获得“全国高校科技期刊优秀编辑质量奖”。

2013年、2015年，获得“中国国际影响力优秀学术期刊奖”。

2006年至2014年连续5届荣获“中国高校精品科技期刊奖”。

2008年至2014年连续3届入选“中国精品科技期刊”。

2016年和2018年 获得中国高校科技期刊研究会度“中国高校杰出科技期刊奖”。

据2018年11月中国知网显示，《北京大学学报（医学版）》被评为中科双百期刊。

《北京大学学报（医学版）》旨在实施“科教兴国”战略，促进医学信息交流和医学科学发展，提高全民健康水平。