北京大学泌尿外科研究所暨北大医院泌尿外科是新中国泌尿外科事业的发源地和领导者，是由我国泌尿外科奠基人吴阶平院士于1978年亲自创立的，经几代人的不断努力，已发展成为拥有吴阶平和郭应禄两代院士，集医、教、研、防于一体国际知名、国内领先的泌尿外科中心。

本所设在北京大学第一医院内，由临床和基础两个部分组成，临床部分设三个病房共105张病床，第一病房收治结石和前列腺疾病，第二病房收治泌尿生殖系肿瘤，第三病房为肾移植病房。门诊设有（1）普通门诊、（2）专家门诊、（3）特需专家门诊、（4）结石、肿瘤、前列腺疾病、尿动力学、肾移植、碎石等专业门诊，以及碎石治疗室、膀胱镜室、B超室、尿动力学室等。基础部分设病理、化学、生化、免疫、分子生物学、男科学、尿动力学、肾移植8个研究室及资料室。每月门诊量4000余人次,收治病人近200人次,手术150余例。

办事机构为所办公室。

本所共有医护及科研人员121人，其中院士2人、高级职称26人、中级职称33人、初级职称61人。本所在职博士生导师7人；硕士导师5人。

1946年，由谢元甫教授和吴阶平院士在北大医院建立泌尿外科。

1949年，吴阶平院士在北大医院开设3张泌尿外科专业病床。

1959年，成立泌尿外科病房，设36张病床。

1964年，建立泌尿研究室，吴阶平院士任主任。

1978年，建立北京医学院泌尿外科研究所，吴阶平院士为首任所长。

1986年，更名为北京医科大学泌尿外科研究所，顾方六教授任所长，吴阶平院士任名誉所长。

1988年，病床增至71张

1989年，被国家教委评为国家唯一的泌尿外科重点学科。

1992年，郭应禄院士任所长。

1994年，首批进入国家高等院校“211”工程。

1995年，成立北京医科大学泌尿外科培训中心，郭应禄院士任中心主任。

1999年，成立北京医科大学男科病防治中心，郭应禄院士任主任。

2000年，更名为北京大学泌尿外科研究所，被评为北京市重点学科。

2001年，被评为教育部重点学科。

2002年，那彦群教授任泌尿研究所所长；吴阶平院士任终身名誉所长；郭应禄院士任 　名誉所长。潘柏年教授任泌尿外科科主任。

2002年，搬入新病房楼，共三个病房，床位增至105张。

2003年，何志嵩任常务副所长，李鸣、辛殿祺任副所长。

2006年，金杰教授任北京大学第一医院副院长。2008年任泌尿研究所所长。