北京大学管理科学中心成立于1985年5月，由当时的校长
丁石孙教授兼任主任，并开始招收管理科学硕士研究生。 1993年12月，在原北京大学经济学院经济管理系和北京大学管理科学中心的基础上成立了
北京大学工商管理学院。
1994年9月，北京大学与光华教育基金会签订合作办学协议，工商管理学院改名为光华管理学院。光华管理学院成立后，北京大学管理科学中心由著名经济学家、光华管理学院院长厉以宁教授担任主任，朱善利教授担任常务副主任，目前由光华管理学院副院长龚六堂教授担任主任。管理科学中心在硕士独立招收培养期间，为国家培养了大量的优秀人才，其中毕业的优秀校友包括现国家副主席李源潮、国务院发展研究中心副主任隆国强、原中房理事长孟晓苏等。
北京大学管理科学中心中心的主要工作是充分发挥北大综合学科的优势，组织各学科的专家从事管理科学研究。中心成立以来，承担了多项国际、国内重要研究课题项目，包括联合国开发计划署、世界银行、国家自然科学基金、国家社会科学基金，中国环境与发展国际合作委员会、国家发展改革委、商务部、农业部、国家林业局等课题研究项目。管理科学中心的研究团队公开发表、出版数百项高质量的研究成果，涉及的领域包括管理科学与工程、环境与资源、宏观经济管理、企业管理、教育投资分析、房地产管理、企业发展战略规划、金融市场分析与投资策略规划、城乡一体化、中国低碳发展战略、林下经济与低碳发展等，其中许多研究成果被国家决策部门采纳，为国家制定相关的政策法规提供了重要的理论依据和思路建议。
2005年，受湖南攸县人民政府委托，承接了《湖南攸县民营经济调研》课题。2007年，受河南漯河市政府委托，承接了《漯河市农业产业化发展研究》课题。2007年，受宁夏固原市人民政府委托，承接了《产业选择与农民利益》课题。2009年，受广东中山市人民政府委托，承接了《中山市城乡经济社会发展一体化”课题。2009年，受河南省周口市委托，承接了《河南省“三项整治”农村土地流转、耕地保护与国家粮食安全》课题。2009年，承接了国家社科基金重大项目《生产三要素市场统一构建与城乡经济社会一体化战略实施》课题。2011年，受河南省济源市人民政府委托，承接了《 济源市建设中原经济区城乡一体化示范市》课题。2012年——2015年，受国家林业局委托，先后承接了《林下经济与低碳发展战略研究》课题、《林权流转政策与城乡一体化研究》课题、《国有林场、林地流转和林权抵押等方面对林权改革和土地制度改革的影响研究》课题。2012年——2015年，受国家发展改委委托，承接了《中国低碳发展宏观战略研究——低碳发展宏观经济理论框架研究》课题。2014年，受国家发改委委托，承接了《政府与市场相关理论发展与边界界定》课题。2014年，受浙江义乌市人民政府委托，承接了《义乌国际贸易综合改革研究》课题。2014年，受浙江省林业厅委托，承接了《林地管理和流转制度改革研究》课题。2015年受农业部委托，承接了《新形势下农垦改革发展战略》课题。