2004年9月28日，怀柔区在整合区政府投资服务中心和全程办事代理制工作基础上组建了综合行政服务中心。中心内设管理机构按照扁平化的原则，实行大处制，即：综合处和管理协调处。

全区517项主要行政许可及服务事项集中到中心办理，承诺办结时限平均压缩30%。进驻人员党团关系转入中心，人事关系不变，日常管理考核主要由中心负责。各部门仍为行政许可的实施主体。中心有权召开部门联审会，讨论决定有关问题。同时负责全区的全程办事代理制指导考核工作。中心运行机制及特点为“五厅、八制、跨部门全程代办”，特别是在项目建设厅创造了“跨部门办事分阶段代理”的新型工作模式，可有效地解决企业和群众办事难的问题。为加强廉政建设，体现政务公平、公正与透明，区行政投诉中心、招投标中心和产权交易中心也同时进驻，并实现了所有进厅事项的网上监察、投诉和查询。

2009年10月，更名为怀柔区行政许可管理协调办公室。