北京市轨道交通建设管理有限公司于2002年12月25日在北京市工商行政管理局登记成立，法定代表人吴宏建，是北京市负责组织城市轨道交通建设的专业管理公司。

北京市轨道交通建设管理有限公司完成了北京轨道交通4号线、5号线、6号线、7号线、8号线、9号线、10号线、14号线、亦庄线、昌平线、燕房线、西郊线、大兴机场线等线路的建设管理任务，使北京市轨道交通运营总里程从2003年的114公里快速发展到2019年的700公里。

截至2020年8月，公司承担着3号线、12号线、17号线、19号线等线段建设管理任务。

2020年8月4日，北京市国资委发布消息表示，北京市基础设施投资有限公司和北京市轨道交通建设管理有限公司实施合并重组。

公司经营范围包括地铁新建线路的建设管理；城市轨道交通运营管理等。

2021年4月27日，北京市轨道交通建设管理有限公司第一项目管理中心被中华全国总工会授予“2021年全国工人先锋号”。

2022年4月，北京市轨道交通建设管理有限公司设备管理总部被中华全国总工会授予“全国工人先锋号”。

2022年4月，北京市轨道交通建设管理有限公司精准帮扶工作领导小组办公室被授予“北京市农村工作（2017-2021年）先进集体”称号。

2024年1月，北京市轨道交通建设管理有限公司所参建的北京大兴机场线工程入选第二十届第二批中国土木工程詹天佑奖。