北京林业大学生态与自然保护学院位于北京市，创建于2019年9月，是北京林业大学二级学院。

原自然保护区学院成立于2004年12月，由教育部和国家林业局（现国家林业和草原局）共同建设，是我国唯一培养自然保护区建设与管理专门人才的学院，设有野生动植物保护与利用、自然保护区学、湿地生态学3个二级学科，其中野生动植物保护与利用学科为国家级重点学科。

生态学学科源于1952年建立的森林学，创始人是著名植物学家汪振儒教授和李文华院士，是我国最早的博士点学科之一，北京市第一批重点学科，国家林业和草原局重点学科，获得“北京市教育先锋号”荣誉称号。该学科是我校“211工程”和“高等学校优势学科创新平台（985）”重点建设学科。

微生物研究所成立于2007年7月，专门从事我国大型森林真菌的研究，在真菌资源多样性、分子系统学、遗传学、生态学、食药用真菌资源利用功能评估、白腐真菌产酶活性及应用等领域均形成了自己的特色和优势。

2006年，学院开始招收第一批本科生。

2018年，增设“森林康养”专业方向。

2019年9月，北京林业大学生态与自然保护学院成立，由原自然保护区学院与林学院生态学科、微生物研究所共同组建。

学院现有教职工76人（专任教师65人），其中教授29人、副教授24人，讲师12人，专职党务、行政、实验、辅导员共11人。学院有国家杰出青年基金获得者1人，国家优秀青年科学基金获得者1人，全国优秀科技工作者2人，中国青年科技奖获得者1人，新世纪百千万人才工程国家级人选1人，国务院特殊津贴4人，教育部新世纪优秀人才4人，北京科技新星1人，北京市教学名师3人，北京市高等学校青年英才计划1人，宝钢教育基金优秀教师3人，校杰出青年人才2人，校级教学名师2人。1人入选爱思唯尔Elsevier中国高被引学者榜和科睿唯安Clarivate Analytics高被引科学家。此外，有40余名教师在国内外相关领域专业学术委员会任职。

学院现设七个教研室：即野生动物保护与利用教研室、树木学教研室、湿地生态教研室、自然保护地教研室、森林生态教研室、微生物生态教研室、气象教研室。

学院现有生态学一级学科，设立了森林生态学、湿地生态学、微生物生态学3个二级学科，林学一级学科（双一流学科）的野生动植物保护与利用、自然保护区学2个二级学科，分别拥有理学、农学的硕士、博士学位授予权，均可接收博士后。

学院主要研究方向包括森林生态学、湿地生态学、微生物生态学、恢复生态学、气候变化与生态过程、生态规划与管理、自然保护地建设管理、生物多样性保育、林业碳汇与碳交易、保护经济与政策、自然资本评估与管理、动植物系统学及进化生物学、动植物遗传多样性及种质资源保护、动植物保护生物学、菌类资源与利用等。