北京绿色交易所有限公司于2008年08月01日成立。法定代表人王乃祥，公司经营范围包括：提供企业环境产权及节能减排技术的交易场所和服务；节能减排技术交易、排污权交易、碳交易、节能量交易；公布环境保护信息；环境管理人员的技术培训；环境保护咨询；组织节能减排技术、排污权、碳、节能量交易管理活动等。

2022年10月，晶澳科技与北京绿色交易所有限公司签署战略合作协议，双方将在自愿减排市场及企业低碳发展等多个领域开展深度合作，联合研究国内外碳减排市场，探索光伏行业应对气候变化的路径，破解行业碳中和痛点，打造光伏行业绿色发展典范。

2023年2月4日，北京绿色交易所正式落户北京城市副中心，未来将建成面向全球的国家级绿色交易所，全面推进城市副中心建设国家绿色发展示范区。

2023年8月17日，北京绿色交易所公告称，全国温室气体自愿减排交易系统即日起开通开户功能，接受市场参与主体对登记账户和交易账户的开户申请。

2023年11月，北京绿色交易所有限公司与中国体改会ESG和可持续金融专委会等联合发起“北极星倡议”。

2024年3月22日，贵州环境能源交易所有限公司（贵州生态产品交易中心）与北京绿色交易所有限公司举行了战略合作签订仪式。

2024年5月，北京绿色交易所有限公司公布股权融资，参与投资的机构包括北京国资。

董事长 王乃祥

2022年3月，北京绿色交易所有限公司发生工商变更，原投资人中国国电集团有限公司退出，新增股东国家能源投资集团有限责任公司，持股4%。