北京高等学校高精尖创新中心成立于2015年10月24日，
清华大学、
北京大学、
中国人民大学等13所在京高校负责人从北京市教委主任线联平手中接过了“北京高等学校高精尖创新中心”铜牌，这标志着“北京高等学校高精尖创新中心建设计划”正式启动。
首批有13个北京高校高精尖创新中心获得认定，分别来自
北京大学、
清华大学、
中国人民大学、
北京航空航天大学、
北京理工大学、
北京工业大学、
北京化工大学、中国农业大学、
首都医科大学、
北京师范大学、
首都师范大学、中央美术学院等高校。研究范围涵盖工程科学与新兴技术、未来芯片技术、大数据科学与脑机智能、智能机器人与系统、软物质科学与工程等领域。
在经费使用方面，北京市财政对高精尖中心按照项目建设周期给予支持，五年为一周期，每年给予每个中心5000万至1亿元的经费投入。除了一般的专项经费支出范围外，增加了列支人员聘任费和中心建设与运行管理费。经费额度原则上不低于70%要用于国际创新人才的聘用、国内创新人才资源的整合。其中，不低于50%的人员聘任费要用于国际人才的聘用，不低于20%的人员聘任费要用于京外人才的聘用。引进的国内外高端人才中，45岁以下青年科学家的比例原则上不低于50%。