广西北仑河口国家级自然保护区位于广西壮族自治区防城港市防城区和东兴市境内，2000年晋升为国家级自然保护区，总面积约3000公顷，是一个以红树林生态系统为主要保护对象的自然保护区。保护区地理位置特殊，珍珠湾内生长着中国大陆海岸连片面积最大的红树林，木榄纯林和老鼠勒群落，是典型的海湾红树林和罕见的平均海平面以下大面积的红树林，在中国大陆沿海红树林中具有不可替代的重要性。红树林内还有大量的海洋生物资源和鸟类资源，是候鸟迁飞的重要中继站。

北仑河口保护区于1985年建立县级红树林保护区。

1990年晋升为省级海洋自然保护区。

2000年4月经国务院批准晋升为国家级自然保护区。

2001年7月，加入中国人与生物圈（MAB）组织。

2004年7月加入中国生物多样性保护基金会自然保护区委员会。

2008年2月加入国际重要湿地。

2023年11月30日，国家林业和草原局公布《陆生野生动物重要栖息地名录（第一批）》，广西防城港北仑河口湿地候鸟重要栖息地入选。

广西北仑河口国家级自然保护区位于广西壮族自治区防城港市西南沿海地带，包括东起防城区江山乡白龙半岛，西至东兴镇罗浮江与北仑河汇集处的滩涂和部分海域，跨越防城区和东兴的13个自然村，地理坐标为东经108°00′30″—108°16′30″，北纬21°31′00″—21°37′30″。

广西北仑河口国家级自然保护区有河口海岸、开阔海岸和海域海岸等地貌类型。

广西北仑河口国家级自然保护区属具有明显的海洋性季风气候特点。年均温22.2℃，年降水量2500－2700毫米。

广西北仑河口国家级自然保护区区内海水常年比重在1.0183－1.0251之间，水温在11.5－31.5℃之间，月均盐值在1.87－3.29%之间。透明度3－8米，水深2－15米，洁净无污染，不受淡水显著影响。

广西北仑河口国家级自然保护区陆地土壤为砂页岩发育形成的砖红壤和海滨沙地。

广西北仑河口国家级自然保护区海岸线总长105公里，总面积119.27平方公里（其中核心区面积48.65平方公里，实验区面积70.62平方公里），此外，外围缓冲区为保护区海岸线高潮线以上1公里以内的陆地分水岭面积35平方公里。

广西北仑河口国家级自然保护区主要保护对象为红树林生态系统。

截止到2012年，广西北仑河口国家级自然保护区内有红树植物15种（其中真红树10种、半红树5种），主要红树植物种类有白骨壤、桐花树、秋茄、木榄、红海榄、海漆、老鼠勒、榄李、银叶树、阔包菊、卤蕨、水黄皮、黄槿、杨叶肖槿、海芒果等。其他常见高等植物19种。保护区内的红树林有林面积12.60平方公里，主要的红树植物群落类型有白骨壤群落、桐花树群落、秋茄群落、木榄群落和老鼠勒群落等12种。此外，保护区核心区还发现有大面积珍稀海草—矮大叶藻。

广西北仑河口国家级自然保护区的滩涂和沿海渔业资源丰富，截止到2012年，鱼类有27种，大型底栖动物有84种。由于保护区位于亚洲东部沿海和中西伯利亚中国中部两鸟类迁徙线的交汇区，为候鸟的重要繁殖地和迁徙停歇地，观察到的鸟类有128种，其中有13种鸟类被列为国家二级保护动物。

广西北仑河口国家级自然保护区管理由北仑河口国家级自然保护区管理处负责。2010年10月23日，北仑河口国家级自然保护区管理处和中国海监北仑河口国家级自然保护区支队在防城港市珍珠湾保护区内成立。

自2006年以来，保护区管理处积极开展红树林的生态恢复工作。一是每年都会组织政府机关、社区学校等社会各界的志愿者开展红树林的种植活动。在开展这些活的同时，无形中提升了公众保护红树林的识；二是利用项目开展红树林生态恢复工作。完成盐碱草及红树林林促淤试验50亩，已种植恢复红树林生态湿地的恢复350亩；完成恢复种植海草床的50亩；完成海草床生境改造50亩；完成滨海过渡带恢复100亩，完成滨海过渡带的生态恢复苗圃二个及数控温室苗圃一个。

广西北仑河口国家级自然保护区正承担着UNEP/GEF/SCS“防城港国际红树林示范区”项目，该项目由中国、泰国、柬埔寨、印尼、马来西亚、菲律宾、越南7个国家共同发起，由联合国环境规划署（UNEP)组织实施、全球环境基金（GEF）提供赞助的“关于扭转南中国海和泰国湾环境退化趋势”（SCS）中的红树林示范项目，项目于2004年7月正式启动实施，2004年9月“防城港国际红树林示范区”项目的实施运作经验，GEF监测与评估处主任JarleHarstad先生给予高度评价，称为“防城港模式”，为中国红树林示范区建设提供一个对外交流与合作的平台。与此同时，北仑河口保护区还承担着北仑河口生态监控区监测工作和实施国家908项目中广西部分的“北仑河口生态敏感区”和“广西红树林示范区”两个子项目。

广西北仑河口国家级自然保护区中中国红树林分布相对集中的地区之一，是海洋生物生殖洄游、候鸟迁徙、海洋动物觅食、繁殖和栖息的重要场所，对维护中越两国相邻海区的生态平衡和生物多样性有重要意义。北仑河位于保护区西端，是中国和越南的界河，历史上因不合理的开发利用使本区的原生红树林损失66%左右，导致北仑河主航道偏移和中国国土的流失。因此，保护区的建立不仅在保护生物多样性方面具有重要意义，而且对防目国土流失、保护领土和领海权益也具有非常重要的战略意义。