区域地理信息系统是在内容、结构、功能以及服务目标和对象上，具有区域综合特点的地理信息系统。比较全面地研究特定区域内的人地关系、社会生态或地理环境及其历史演变，并为区域发展服务。区域的大小、类型可多种多样。如以流域、城市、行政区域、经济区直至以全球为单元的区域地理信息系统。

所谓综合特点，是诣地理要素或数据之间的相互联系，故区域性与专题性并不互相排斥。一个专题性地理信息系统，通常具有区域范围；一个区域地理信息系统，也可是专题性地理信息系统。在实际应用中，往往互相结合。