西崎优二（
大泽隆夫饰）曾经是一名奔走于世界各地的战地摄影师。因为一场惨剧，他丧失了工作的热情，妻子也突然病重而亡。如今的西崎不再有往日的激情，他沉浸在自责之中，进入崇山峻岭拍摄着无言的星空。这天夜里，伴随着轰鸣声，空中划过一道红光，西崎条件反射似地按下了快门。
内阁总理大臣渡良濑隆文突然得报，美国隐身战斗机“午夜雄鹰”在日本北阿尔卑斯山上空失踪。渡良濑紧急召开了国家安全保障会议，命令自卫队组织特别部队前往雪山回收飞机残骸。然而，特别部队却遭到了不明武装组织的袭击。
年轻的记者落合信一郎（
玉木宏饰）看到了西崎的照片，觉得事有蹊跷，他拉着西崎前往北阿尔卑斯。西崎发现自己早已熟悉的雪山似乎改变了面貌，笼罩在一种异样的气氛之下。这时，两人听到了枪响，看到了染红雪地的鲜血。西崎与落合奋力逃生，与此同时，战场上的往事又涌上了心头。
这时，在东京，《WISE》杂志的记者有泽庆子（
竹内结子饰）正在根据落合送来的照片追查事情的真相。她是西崎的小姨子，因为姐姐的死而恨着西崎。她认为西崎不配当父亲，便争取来抚养权，收养了姐姐的独生子。
雪山中的西崎和落合遇到了幸存的自卫队员佐伯昭彦，三人一同冒着暴风雪中赶赴飞机出事地点。而庆子也查到了北阿尔卑斯的事件惊人内幕——午夜雄鹰装载着特殊炸弹，其威力足以毁灭全日本。
《午夜雄鹰》根据高岛哲夫的同名小说改编，原作小说曾被认为根本不可能电影化。整部影片全部在真实的高海拔雪山中取景拍摄，部分场景还动用了日本国家自卫队，后期制作得到了好莱坞专业技术的支持。