南京中医药大学科技创新协会成立于2005年，是为大学生科技创新而服务的社团，隶属校团委，托管于药学院分团委，是以药学院同学为主体的面向全校同学的科技文化学术性团体，2007年更名为南京中医药大学科技创新协会。协会依托学校科研平台, 注重内涵建设, 定位清晰明确、制度经费保障充分、人员配备齐全合理、活动载体形式多样，七年来，社团始终以活跃学校学术气氛,增强科技参与意识,提高学生实践能力，培养中医药科技人才为指导思想，本着“学以致用”的原则，以“科技开拓新知，创新引导主流”为宗旨，结合中医药院校的特点，广泛深入地开展各种融学术性、知识性、实践性、创新性于一体的第二课堂活动，营造科创氛围，增强科创意识，提高科创能力，为同学的成长成才创造条件，在大学生科技创新能力培养方面进行了有益的摸索和实践, 为该校创新人才的培养提供了有力的支撑。

协会总体分为一团八部，其中挑战杯相关部门归为特色部门，社团日常事务相关部门归为常驻部门。

由指导老师、会长和副会长组成，统筹社团各方面的活动，做好日常事务的监督与管理工作。会长和副会长引导全社团工作的展开，做好与指导老师间的交流工作，为社团的发展提供坚实基础。

秘书部是对协会的资料进行整理、财物进行存储的部门，另外还对活动书面内容进行审核与修改等工作，贯穿了活动场地申请、流程策划、人员安排和资金掌管等工作，是协会活动的“协调者”。

新闻部的主要工作有：协会的报纸《科创启航》资料的收集、排版以及出版上面。另外活动的相关资料采集（包括周边新闻、背景资料、活动照片等）和通讯稿、总结的书写。

宣传部对协会的各个活动进行海报、展板等各种形式的前期后期宣传工作，是协会对外宣传提高知名度的重要部门，也是协会活动的有力“支持者”。

外联部负责协会品牌活动拉赞助和素质拓展培训等一系列任务。包括主讲老师邀请、嘉宾邀请等，是提高协会成员素质，培养协会成员之间的感情，促进整体合作团结的“培训者”。

特色部门下设创业计划指导中心、论文指导中心、科技发明指导中心和本导生俱乐部。前三个部门分别对应了创业计划书、自然及社会科学类论文和科技发明类内容，主要承担挑战杯相关事宜及活动，把挑战杯活动作为我们协会的活动主线，以此打造我们协会的活动特色。而本导生俱乐部则在该校本科生导师制中有着举足轻重的位置，为优秀本科生提供了更多的交流平台，也为该校科研人才的培养做出了很大贡献。