本系的前身为资源环境与城乡规划系。2003年5月正式成立空间信息科学系。2005年3月由资源环境与城乡规划系分出，独立运行。是江苏省唯一的“遥感科学与技术”本科专业，现有本科生409人。
空间信息科学系有教授4人，博士生导师3人，硕士生导师4人，博士学历5人，硕士6人。长期从事遥感数字图像处理、地理信息系统应用、自然灾害监测与评估、资源环境等方面的教学、科研工作。教师队伍中有“有突出贡献的中青年科学家”、2位获得“
国务院政府特殊津贴”、省“优秀青年骨干教师”称号的优秀中青年骨干教师。近年来，他们先后承担了十几项重大科研课题，在国内外发表重要的学术论文一百多篇，出版专著、教材多部，取得了多项国家级、省部级的科技进步奖和自然科学奖。
本系设有“气候系统与全球变化”的
博士点、
硕士点，有“遥感科学与技术”和“
地理信息系统”本科专业，是教育部批准的首批“遥感科学与技术”
本科专业，是江苏省唯一的“遥感科学与技术”本科专业。全系现有本科生409人。