南京医科大学基础医学院（Nanjing Medical University School of Basic Medical Sciences）是南京医科大学二级学院。

南京医科大学基础医学教育史可以追溯到1934年建校初期，即已开设立了由王仲侨和陈友浩主持的解剖学、姚荷生主持的生物学、童志清和孙宗彭主持的生理学、徐佐夏主持的药理学、褚葆真主持的细菌学、洪式闾主持的寄生虫学、金泽忠主持的病理解剖学、林几主持的法医学、陈邦贤主持的医学史等。

在抗日战争时期，又先后开设了物理、数学、化学、外语、体育等课程，授课对象是卫生行政科、医科、卫生教育科、卫生特别训练班的学生、

1953年-1954年间，受卫生部和华东卫生部委托，在寄生虫学科和微生物学科的基础上学校承办了公共卫生医师“血吸虫病防治训练班”、寄生虫学和微生物学中级师资班。

1956年9月开始，学院由镇江迁移南京，1957年12月底，迁校工作基本结束。

1958年初，经学校研究决定，并报上级批准，成立了基础医学部，生物和化学教研组合并为医用化学教研组，生物和组织胚胎教研组合并为医用生物学教研组，病理解剖和病理生理教研组合并为病理学教研组，传染病学、寄生虫学、微生物学教研组合并为传染病学教研组。

1960年，又重新拆分为原先的教研组。在人才培养上，受中央卫生部委托，解剖学、组织胚胎学、生理学、药理学、微生物学、寄生虫学、病理解剖学、病理生理学继续举办中级师资和高级师资训练班。

1962年12月，人体解剖学、寄生虫学各招生了1名3年制研究生。

1964年，学校机构调整，撤销了基础医学部和基础医学部党总支，新成立教师、学生两个总支，原基础医学部的职能由教师党总支行使。

1978年6月，省革委会批复同意学校的机构调整，又再一次恢复了基础医学部的名称。

1993年，寄生虫学、药理学、病理生理学、生理学被评为省级重点学科，医学分子生物学实验室被确定为首批省级重点实验室。

1994年5月20日，基础医学部正式更名为基础医学院。

2003年7月，化学教研室划分到药学院，体育部独立建制。基础医学院医学司法鉴定、临床病理、医学英语3个专业方向正式招生。

2011年，学院基础医学被遴选为江苏高校优势学科建设工程一期项目立项学科（A类）。

2014年，学院基础医学以A类通过江苏高校优势学科建设工程一期项目考核验收，并顺利获得二期项目立项建设，原南京医科大学微生物学与免疫学系独立成为免疫学系，微生物专业并入基础医学院病原生物学系。

截至2017年9月，学院下设16个系、2个教研室，设5个本科专业。

系：人体解剖学系、组织胚胎学系、病理学系、法医学系、病理生理学系、病原生物学系、免疫学系、药理学系、神经生物学系、生物化学与分子生物学系、生理学系、细胞生物学系、发育遗传学系、生物技术系

教研室：数学与计算机教研室、物理学教研室

截至2017年9月，学院有教职工403人，其中教师272人，教辅91人；在272名教师中，教授67人、副教授48人，其中博士生导师63人、硕士生导师39人。教师中237人具有博士学位（87.1%）；获得国家杰出青年科学基金4人、“973”首席科学家2人、全国优秀教师2人、“新世纪百千万人才工程”国家级人选2人等荣誉称号；国家级教学团队2个。

国家级教学团队：基础医学实验课程群教学团队（王迎伟，2010年）、人体解剖学与组织胚胎学教学团队（周作民，2009年）

截至2017年9月，学院有1个国家级实验教学示范中心基础医学，1个国家级虚拟仿真实验教学中心，2个江苏省“学科综合训练中心”建设点，1个江苏省实验教学示范中心；有国家级精品课程3门，国家级精品资源共享课2门，江苏省级精品课程、优秀课程6门，江苏省级精品教材4部，国家级双语教学示范课程建设项目1项。

国家级实验教学示范中心：基础医学实验教学示范中心

江苏省实验教学示范中心：基础医学实验教学示范中心

国家级虚拟仿真实验教学中心：基础医学虚拟仿真实验教学中心

江苏省“学科综合训练中心”建设点：生物医学工程实验教学中心、现代生物技术与医药综合训练中心

截至2017年9月，学院获省高校大学生创新训练计划立项项目109项，主持各级教学改革课题55项；发表教学论文140余篇；主参编国家规划教材10多部、主参编各类教材113部；多次获校省级以上教学成果和多媒体教学课件竞赛奖。

截至2017年9月，学院有1个博士后科研流动站，1个一级学科博士点，9个二级学科博士点，3个一级学科硕士点，16个二级学科硕士点；1个一级学科国家重点学科，1个国家重点（培育）学科，1个江苏省一级学科国家重点学科培育建设点，2个江苏省国家重点学科培育建设点，1个江苏省一级学科重点学科，1个江苏省重点学科，1个江苏高校优势学科建设工程立项学科（A类）。

博士后科研流动站：基础医学

一级学科博士点：基础医学

二级学科博士点：人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、法医学、药理学、生物化学与分子生物学、生殖医学等

一级学科硕士点：基础医学、生物学、生物医学工程

二级学科硕士点：人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、法医学、药理学、生物化学与分子生物学、生理学、微生物学、神经生物学、遗传学、细胞生物学、生物物理学、生物医学工程、生殖医学等

一级学科国家重点学科：药理学

国家重点（培育）学科：病理学与病理生理学

江苏省国家重点学科培育建设点：人体解剖与组织胚胎学、病原生物学

江苏省一级学科国家重点学科培育建设点：基础医学

江苏省一级学科重点学科：基础医学

江苏省重点学科：生殖医学

江苏高校优势学科建设工程立项学科（A类）：基础医学

截至2017年9月，学院有1个国家重点实验室，1个卫生部重点实验室，1个江苏省、科技部共建国家重点实验室培育基地，7个江苏省重点实验室和工程研究中心，1个江苏省“青蓝工程”首批优秀科技创新团队。

国家重点实验室：生殖医学国家重点实验室

卫生部重点实验室：卫生部抗体技术重点实验室

江苏省、科技部共建国家重点实验室培育基地：江苏省人类生殖调控与危害评估重点实验室

江苏省重点实验室：江苏省生殖医学重点实验室、江苏省人类功能基因组学重点实验室、江苏省现代病原生物学重点实验室、江苏省神经退行性疾病重点实验室、江苏省心血管病分子干预重点实验室、江苏省异种器官移植重点实验室

江苏省工程研究中心：江苏省基因表达工程研究中心

江苏省“青蓝工程”首批优秀科技创新团队：神经药理学研究团队（2006年）

截至2017年9月，学院获得国家级项目202项，其中作为首席科学家承担国家重大科学研究计划（973计划）项目2项、课题6项，国家重点研发计划3项，国家自然科学基金重大研究计划重点支持项目1项，重点项目4项，国际（地区）合作与交流重点项目5项；发表SCI论文610篇，其中影响因子大于5的180篇，最高为35.209；获省部级以上科技进步奖9项，国家发明专利授权56项；学院总科研经费达15773万元，科技服务获得经费5508万元。

基础医学院院徽外形为圆形，以蓝、白两色为基调，象征医学的纯洁神圣与生命的祥和安宁。

院徽中间的盾形图案，象征医学对于疾病的防御和对于人类的庇护。蛇杖是国际通用的医学标识，象征神奇的医术和中立的医德。DNA双螺旋结构是生命科学领域最重要发现之一，是生命科学的象征。标有中国传统文化特征的小篆字体“学海”字样的书籍，象征基础医学知识的渊博与浩瀚，同时与上方的蛇杖交相辉映，也寓意基础医学教育和研究坚持博古通今、学贯中西的理念；取“学海”二字与基础医学院迁至江宁校区后的主要教学科研场所“学海楼”相契合，“学海楼”在基础医学院发展史上具有里程碑式的意义。1934年是南京医科大学的建校之年，也是学校基础医学教育的起始之年。

院徽以地球为背景，寓意着基础医学院将加大国际化步伐，加强国际交流与合作，取得越来越大的国际影响力。

整个院徽寓示着基础医学院全体师生以严谨治学、护佑生命、追求卓越为己任，面向未来，不断前行。

根据2017年12月学院官网信息显示，学院组织了第一届校园“微型”马拉松比赛、迎新春联欢会、南京医科大学第二届基础医学创新论坛暨实验设计大赛等文化活动，组织学生参加了第六届南京市魔方高校联赛、南京医科大学基础医学院2016年全国优秀大学生夏令营等学科活动。