南京吏部尚书，明朝官名。

永乐十八年（1420年），明成祖定都北京，将吏部官属移往北京，那些留在南京的官员和机构，则在名称前加上了“南京”二字以示区别。洪熙元年（1425年），明仁宗又在南京重新设置了各部门的官员和属下，去掉了名称前的“南京”二字，而将在北京的相应机构名称前加上了“行在”二字，并再次设立了行部。宣德三年（1428年），行部又被废除了。正统六年（1441年），北京的机构名称中去掉了“行在”二字，而南京的机构则继续保留“南京”二字，这一制度遂成为定制。在景泰年间，吏部曾一度设立了两个尚书职位。到了天顺初年，其中一个尚书职位又被废除。南京吏部设尚书一人，右侍郎一人，文选、考功、验封、稽勋四清吏司，各郎中一人，主事一人（后革验封、稽勋二司主事）。官员的级别也和北京相同。南京吏部负责南京地区官员六年一度的京察考功，北京吏部不得干涉（亦有例外，如嘉靖三十五年杨行中被北京吏部考察罢免）。南京吏部尚书最初由南京户部尚书兼任，至黄宗载时不再兼任，时有时无，至成化年间渐为定制。