南京地铁集团有限公司于2000年01月18日在南京市工商行政管理局登记成立。法定代表人佘才高，公司经营范围包括许可项目：建设工程施工；城市公共交通；房地产开发经营（依法须经批准的项目，经相关部门批准后方可开展经营活动，具体经营项目以审批结果为准） 一般项目：以自有资金从事投资活动；非居住房地产租赁；商业综合体管理服务；广告发布；企业总部管理；土地整治服务（除依法须经批准的项目外，凭营业执照依法自主开展经营活动）

2022年1月，入选2019-2021年度江苏省文明单位候选名单。

2022年3月，被授予“ 2021年度全国版权示范单位（软件正版化）”称号。

2022年11月，被表彰为“第六届全国119消防先进集体”。

2023年11月9日，据上交所，南京地铁集团有限公司2023年面向专业投资者公开发行公司债券项目状态更新为“已受理”，项目受理时间为2023年10月26日。

2024年6月14日，上交所债券项目信息平台显示“南京地铁集团有限公司2024年面向专业投资者公开发行绿色公司债券”项目状态更新为“已受理”。7月8日，上交所债券项目信息平台显示“国君-南京地铁四期资产支持专项计划”项目状态更新为“已受理”。7月10日，上交所债券项目信息平台显示“南京地铁集团有限公司2024年面向专业投资者公开发行绿色公司债券”项目状态更新为“已反馈”。8月22日，上交所债券项目信息平台显示“南京地铁集团有限公司2024年面向专业投资者公开发行公司债券”项目状态更新为“提交注册”。