南京大学历史研究所成立于1984年。主要研究方向为六朝史、明清经济 史、太平天国与晚清史、“中华民国史”、当代台湾研究等。
在 1991年全国高校科研机构评估中，被评为史学类全国第二名。先后 承担了国家社会科学重点研究项目9项、国家教委重点科研项目10项、 博士点基金项目5项、国家教委教材项目3项及省市其他项目。代表性 成果有《
太平天国通史》、《台湾三十年（1949－1979）》、 《八十年代的台湾》、《中华民国史纲》、《中国现代史史料学》、《 明清苏松杭嘉湖地区经济史》、《长江三角洲经济史研究》、《横看成 岭侧成峰－长江下游城市近代化的轨迹》和《鄂城六朝墓考古报告》等 专著近40部，发表论文400多篇，已出版《太平天国史论丛》、《 民国研究》等专刊。
1984年以来，该所人员在多次获得省部级以上 一、二等成果奖。多次举办国际性学术会议，与美国、日本、加拿大、 英国、德国、法国、韩国、澳大利亚等国及台湾地区，有密切的学术交流关 系，曾接受大批外国学者来所进行学术研究。该所已培养或招收博士研究生40多名，硕士研究生120余名。