南京大学学衡研究院主要致力于概念史、学衡派、耶稣会与近代中西文化、公共记忆、民间社会与
中国社会史等领域的跨学科研究。
1、概念史：历史沉淀于概念当中，概念提示着历史的进程。历经
语言学转变之后，近代知识的“非自明性”成为国际史学界普遍关心的重要问题。起源于德国的概念史研究，通过对历史上主导概念之变迁的探究，来揭示知识的建构和一个时代的基本特征。近十余年来，概念史研究在东亚学术界越来越受到关注。在孙江教授组织下，2011年11月、2014年4月，南京大学先后召开了两次东亚近代知识和概念史方面的国际学术会议。学衡研究院成立后，即以概念史研究作为最主要的任务，拟从全球史角度考察西方知识移入中国/东亚的过程及其变异，由此揭示东亚现代性的独特面貌。本院创办了学术集刊《亚洲概念史研究》，作为专门推进概念史研究的开放性平台。同时正在进行资料库建设，目标是编纂一部包含近代中国100个关键概念的概念史大辞典，在此基础上出版一套大型的中国概念史丛书。
2、学衡派：1922年，
吴宓、
胡先骕、
梅光迪、
吴伯明、
柳诒徵等人在南京创办《学衡》杂志，倡行“论究学术，阐求真理，昌明国粹，融化新知”的宗旨，由此逐渐形成了现代中国学术、文化史上的学衡派。本院一方面致力于呈现学衡派内部的多元历史事实，发掘近现代东南地区的学术文化传统；另一方面接续学衡派的学术理念和文化脉绪，通过跨学科、国际化的知识生产和传播工作，为当代中国学术文化事业的进步做出一份独特的贡献。本院创办了学术集刊《新学衡》，定期刊发相关研究成果。
3、耶稣会与近代中西文化：耶稣会在近代中西文化交流中扮演了重要角色，对于东西方之间的相互认知产生了深远影响。以宋黎明老师为代表的团队，将在充分发掘罗马耶稣会档案馆相关档案的基础上，致力于对利玛窦等入华耶稣会士的历史进行深入研究，从而与本院的概念史、知识史、学术文化史研究相互支持，形成协同效应。已出版的成果有《神父的新装——利玛窦在中国》等。
4、公共记忆：学衡研究院同仁于2009年组建专门团队，致力于公共记忆的学术研究，在介绍西方记忆理论的同时，以南京作为现代中国记忆之场的典型样本，展开中国本土的记忆研究。正在实施的项目有“现代中国公共记忆与民族认同研究”、“学衡历史与记忆译丛”，出版了皮埃尔·诺拉主编的《记忆之场》中译本，即将出版阿莱达·阿斯曼的《记忆中的历史》、阿斯特莉特·埃尔、安斯加尔·纽宁主编的《文化记忆研究国际手册》中译本。由孙江教授主编的《新史学》第8卷《历史与记忆》2014年由中华书局出版，收录了学衡研究院记忆研究团队以及国内外学者在记忆研究领域的最新成果。
5、民间社会与中国社会史：20世纪80年代中期，南京大学即为中国社会史研究领域的重镇，特别是蔡少卿教授为代表的中国秘密社会史，在国内外学术界独树一帜。学衡研究院承接这一学术传统，基于新的学术视野，致力于一种复数、小写的新社会史研究，尝试从下层、边缘、地方、日常的视角出发，去理解秘密结社、民间宗教、民间信仰、慈善组织等历史现象，由此重新认识“中国社会”及其历史演进。已出版的成果主要有《近代中国の革命と秘密结社——中国革命の社会史的研究（1895-1955）》（汲古书院2007年版）、《近代中国の宗教、结社と権力》（汲古书院2012年版）、《作为他者的宗教：近代中国的政治与宗教》（台北博扬文化2016年版）等。