南京大学日语系的前身为南京大学外语系日语教研室，成立于1975年，1977年全国高考制度恢复以后正式招收专业本科生，是江苏省高校最早成立培养日语专业人才的教育基地。1994年被国务院批准具有硕士学位授予权的专业，也是江苏省首批有权授予硕士学位的日语专业之一，2002年值南京大学创建100周年之际改为现名。

南京大学日语系教学体系完善，教学设施先进。教师富有强烈的责任心和敬业精神，注重教学手段和教学质量，对学生严格要求，积极开展课堂教学和各种实践活动，激发学生的学习热情，拓展学生的知识面。在近几年全国举行的日语演讲比赛中，作为综合性大学南京大学日语系多次在全国举行的大学生演讲比赛、作文比赛中名列前茅。近两年在全国专业四、八级考试中，南京大学四级的通过率是100%，优秀率达65—80%之间，八级的合格率达96%，优秀率达15%左右，良好率达70%以上。在科研方面，教师一边积极参与教学，一边认真从事专业研究，近年来独立承担国家社科青年项目1项，教育部人文社科研究项目1项，回国博士科研基金项目3项，南京大学“笹川良一”基金项目5项，南大社科项目2项。在国内外学术刊物发表论文近百篇、译著30余本、主编教材10余部、参考教材10余部。其中由日语系张国仁教授主持大部分老师参与翻译的《东史郎日记》获江苏省哲学社会科学优秀成果奖，在社会上引起了强烈反响。同时由日语系老师共同参与翻译的28卷本《南京大屠杀史料集》也顺利出版，受到一切爱好和平者的普遍关注。

南京大学日语系拥有一支以中青年学者为主的教师队伍，有教授2人、副教授4人，讲师6名，助教2名，其中硕士生导师6人。已有6人已经获得日本名古屋大学、日本东京外国语大学、南京大学、华东师范大学等国内外著名高校的博士学位，还有6人分别在南京大学、天津师范大学等著名高校攻读在职博士学位。所有教师都有在日本留学或做学术访问的经历。日语系还常年聘请2－3名外籍专家，并与日本多所大学保持着学术等交流关系。

南京大学日语系本科教学旨在培养能熟练地运用日语从事涉日翻译、日语教学、商贸、管理、国际文化交流等领域工作的高级人才。大学本科四年期间要求学生具有较扎实的日语语言基础和较强的日语语言运用能力，牢固掌握广泛的人文、科技、经贸等方面的专业知识，注重培养学生具有较强的写作能力，独立思考能力和创新意识，同时并具备良好的思想道德素质、文化素质和心理素质。

日语系每年招收本科学生20人左右，在校本科学生数为80人左右。日语系十分重视本科教学工作，管理规范，有社会实践基地，每年暑期能为学生提供实习机会。日语本科专业的主要课程有日语精读、听说、会话、写作、翻译、口译、日本概况、日本时事、日本文学、日本文学选读、日语语法、高级听解、日本文化、高级视听等。

日语系本科学生每年有11%的优秀毕业生保送直接攻读南京大学或外校本专业的硕士学位。

日语系每年招收日语语言学、日本文学和日本文化等方向各类硕士研究生10—12人左右。

硕士研究生课程主要有：外国语文通论、20世纪文艺批评理论、翻译理论、日本文化概论、日本语言学、日本语言与文化、高级写作、日本现代文学、古典文学赏析、近现代日本文学赏析、日本文化与文学比较研究、日本历史等专题课程。

日语系还承担了南京大学全校博士生、硕士生一外、二外以及外国语学院非日语专业博士生、硕士生的日语课程，以提高阅读理解为主，具有较系统的教学体系。

日语系本科学生学习成绩优秀，日语水平及专业素质在国内处于上乘水平，具有较强的竞争力，毕业生就业前景良好，就业范围广泛，深受用人单位欢迎。主要就业去向为国家机关、外交外事部门、外经贸企业（包括日本独资企业、中日合资企业）、新闻出版单位、各大银行、国际旅行社、国际电台、教育单位、研究机构等。还有一部分学生选择继续学习深造，深造方向包括日语语言文学专业的硕士研究生（日本文学、语言学与日本文化等方向），以及相关专业硕士研究生，如国际经济、金融、法律、政治、历史、教育、新闻传播等专业。日语专业硕士研究生就业面也比较宽广。除了大部分毕业生在大专院校担任教师以外，每年都有个别硕士研究生进入外经贸企业、外资和合资企业、银行等部门工作，也有同学选择攻读其他学校或本校其他专业的博士学位，继续深造。