南京大学昆山创新研究院是昆山市政府和南京大学共建共管，经昆山市人事局编制办公室批准的自收自支的独立事业法人单位。

南京大学昆山创新研究院，南大昆山校地双方领导共同签订了南京大学昆山创新研究院、产业经济学博士工作站、研究生社会实践基地、大学生就业创业基地等合作共建协议，并签约新能源、新材料项目。南京大学党委书记洪银兴与昆山市委书记张国华共同为南京大学昆山创新研究院揭牌。

南京大学在创建世界高水平研究型大学的过程中，开展高起点的产业技术研究和技术转移工作，支撑地方经济发展。南京大学要发挥科技和人才资源的优势，在双方共同努力下，将研究院建设成为昆山区域创新体系的核心，为昆山战略性新兴产业的发展提供科技支撑，为昆山社会经济的全面发展做出应有的贡献。今后，研究院要加快建设新能源领域的公共技术服务平台，推进立体显示等其他领域的技术合作，组织相关领域的产学研合作联盟（南京大学党委书记洪银兴 讲话）。

2013年7月18日，南京大学昆山创新研究院联合台湾永光化学工业股份有限公司、昆山桑莱特新能源科技有限公司三方共建的“染料敏化太阳能电池联合实验室”揭牌成立。