南京大学校徽外形采用盾形的设计风格，该风格是中央大学时期流传下来的。校徽的左下方及右下方为英文“NANJING UNIVERSITY”。校徽正中为南京市树——
雪松，寓意南大坚忍不拔的精神。雪松的下方为书图案及“1902”字样，点明南京大学的建校时间为1902年。校徽的上方中间部位为由“南京大学”的艺术字体所组成的圆形图案，其两旁各有一只金陵辟邪（
貔貅），象征着南京。
南京大学校史追溯至清末1902年筹办的
三江师范学堂。因受政治时局等影响，学校迭经变迁。三江师范学堂成立不久易名
两江师范学堂，之后又先后改为
南京高等师范学校、
国立东南大学、
国立第四中山大学、
国立江苏大学、
国立中央大学，1949年8月8日，根据南京市军管会文教委员会通知，国立中央大学改名为“
国立南京大学”，开始了办成社会主义
新型大学的历史性进程。1950年10月10日，接华东军政委员会教育部长
吴有训签发的通知：“经政务院核定，除
私立学校于校名上
加冠‘私立’二字外，各级学校校名不加国立、省立、市立及公立字样。”自此，学校校名即去“国立”二字迳称“南京大学”，沿用至今。各个时期的校徽也各不相同。