南京大学深圳产学研基地立足深圳湾，辐射珠三角，是南京大学在南方事业发展的平台，是一个高层次、综合性、开放式的产、学、研、资、介相结合的实体。基地的目标定位是：以市场需求为牵引，集成各种相关资源并实现充分共享，为南京大学科技成果的产业化、技术的协同研究与开发、行业技术提升提供一个完备和可靠的支撑平台，提供有关企业、产品、技术、人才等多方位的智能信息服务，同时充分拓展基地的孵化功能，使企业的技术创新通过大量高技术小企业诞生的形式得以实现，促进产学研结合。
学校总部的声学实验室、计算机软件工程中心、国家环境保护有机化工废水处理与资源化工程技术中心、
国家有机毒物污染控制与资源化工程技术研究中心、舆情调查与危机管理研究中心等科研机构将陆续进驻基地设立深圳研发中心，力争将基地建设成为南京大学在深圳的科研成果转化基地、科研项目研发基地、南方教育培训基地、高新科技企业孵化基地。