南京大学物理学院是南京大学下设的二级学院、国家物理学基础学科人才培养基地。

1902年，清政府在南京成立三江师范学堂。据文史记载，在三江师范学堂三年制的初级师范本科教学计划中，已设有物理课程。

1907年，两江师范开设了理化数学部，学制两年。

1915年，南京高等师范学校正式招生，在理化部内有物理学科，这是南京大学物理系的前身。

1920年，南京高等师范学校将国文史地部和数学理化部合建成文理科，下设八个系，其中就设置有物理系。

1923年，南京高等师范学校正式并入东南大学，包含5科27个系，其中有物理系，属文理科。

1926年，东南大学实行文理分科，理科包含物理、化学、地学、数学四个系。

1927年4月，南京国民政府成立。随后，国民政府教育行政委员会合并江苏的一些学校组建了国立第四中山大学。学校将原东南大学所设的科改称学院，全校一共设九大学院，包含自然科学院等，在学院下面仍设有科，相当于系。自然科学院后来改名为理学院，下设物理系（含天文）等。

到1937年，物理系当时建有普通物理、电磁学、光学、无线电学、近代物理等实验室10个，设有X射线、光学、无线电等研究室5个，有140千伏X光变压器、15级中阶梯光栅、测微光度计、感应高温炉等设备。

1938年12月，中央大学创办了研究院，并于1939年秋天正式招生。到1945年，研究院已拥有文科、理科、法科、师范、农科、工科和医科等七个研究所，其中，理科研究所设有数学部、物理学部、化学部、地理学部和生物学部。

1945年8月，抗战胜利；11月1日，中央大学开学上课。理学院招生386人。当时理学院设有数学、物理、化学、生物、地理、地质、心理、气象8系，并设有研究院的数学、物理、化学、生物、地理、心理等研究所。物理系新增核物理课程。

1952年，全国高等学校实行院系调整，南京大学和金陵大学物理学系合并，建立新的南京大学物理学系。

1953年，为了适应中国国家发展的需要，物理系从无到有创办了金属物理教研室，重点培养金属物理方面的人才；同年，物理系设立声学研究方向。

1954年，南京大学建立了中国国内第一个声学实验室，成立理论物理教研室、普通物理教研室。

1955年初，创建了中国第一个声学教研室；下半年，物理系物理专业内分设专门化，南京大学物理系设立声学专门化，建立了中国国内第一个声学专业。

1956年，招收了中国第一批声学专业研究生；同年成立的磁学专门化，是中国国内综合大学中首批成立的五个磁学专门化之一。

1958年，普通物理教研室曾一度被撤，物理系在学校办起了和专业有关的“滚珠厂”“铁凎氧厂”“喇叭厂”“红外眼镜厂”等校办工厂。

1959年，物理系开始筹建低温物理教研室，后因中国国家遭遇困难时期延期至1964年高等教育部才正式行文批准在南京大学和北京大学建立低温物理专门化。

1962年，为了加强基础课教学，普通物理教研室恢复，并改名为基础物理教研室。

1963年1月，经教育部批准，物理系成立声学研究室。

1972年，理论物理教研室与低温物理筹备组合并成立理论物理与低温物理教研室。

1973年，低温物理专业开始招生，并开始了以超导物理为中心的科学研究。

1974年，晶体物理专业正式招收本科生。

1978年，学校对理科专业进行了调整，将物理系的固体物理、磁学、晶体物理、半导体物理、低温物理、理论物理、声学、无线电物理等8个专业调整为理论物理、固体物理（含晶体、磁学、低温、半导体4个专门化）、原子核物理、声学、无线电物理等5个专业。同年，经教育部批准，物理系原有的声学研究室扩建为声学研究所，下设音频声学研究室、表面声波研究室、分子声学和生物声学研究室、以及低温声学和量子声学研究室。

1981年，在国务院第一次学位授权专业评审中，物理系共获得理论物理、固体物理、声学、核物理及核技术4个专业的博士学位授予权，并开始招收攻读博士学位研究生的工作。

1982年，教育部批准成立了南京大学固体物理研究所。

1984年，创建了南京大学固体微结构物理国家重点实验室；5月，南京大学决定将原物理系分成物理系和信息物理系，物理系设置物理学专业（含理论物理、晶体物理、低温物理、半导体物理、磁性材料和器件等专门化组）和原子核物理及核技术专业，以及固体物理研究所、应用物理研究所、加速器研究所和固体微结构物理国家重点实验室。原物理系中的声学和无线电物理两个专业合并成信息物理系，设有声学、无线电物理和电子学与信息系统专业，以及声学研究所、近代声学实验室。

1985年，国务院学位委员会进行第三次学位授权单位审批，南京大学物理学科增加了“无线电物理与无线电电子学”博士学位授权专业。同年，物理学科成为中国国内首批建立的博士后科研流动站。同年，物理系成立了应用物理研究所。

1986年，物理系增设了应用物理专业；同年，物理系成立了加速器研究所，开展医用和工业用直线加速器的研制及应用。

1988年，信息物理系增设了电子学与信息系统专业。

1990年10月，成立材料科学研究所。

1991年，声学研究所获得世界银行对中国的首批教育贷款，在南京大学声学研究所的基础上，开始筹建近代声学国家重点实验室。

1993年，以物理系多个科研组为基础，成立了材料科学与工程系，并于第二年正式招收本科生。

1994年，信息物理系更名为电子科学与工程系，近代声学国家重点实验室正式成立；6月，正式建立了“微结构科学技术高等研究中心”。

1995年，经教育部批准建立“国家物理学基础学科人才培养基地”。

2003年，固体微结构物理国家重点实验室和配位化学国家重点实验室联合筹建“南京微结构国家实验室”。随着科研事业的发展和深入，在物理系先后成立了“江苏省纳米技术重点实验室”（2002）、“江苏省制冷新技术工程研究中心”（2003）、“粒子—核—宇宙学联合研究中心”（南京大学—中国科学院紫金山天文台2005）等研究所和研究中心。

2006年，获批建立国家级“大学物理实验教学示范中心”，成为全国高校中首批成立的示范中心之一。同年，以固体微结构物理国家重点实验室和配位化学国家重点实验室为主体进一步成立了南京微结构国家实验室（筹），成为中国量子调控研究的重要基地。

2009年，获批成为国家“物理学本科人才拔尖培养计划”单位；12月30日，南京大学对原物理系、材料科学与工程系和电子科学与工程系进行了学科重组，决定成立物理学院、现代工程与应用科学学院和电子科学与工程学院。

2010年，依托南京微结构国家实验室（筹）正式开设了本硕博连读八年制实验班，培养基础研究的优秀后备拔尖创新性人才和未来行业领军人才。

2014年，以南京大学物理学科牵头的“人工微结构科学与技术协同创新中心”获批，成为国家级2011协同创新中心。

截至2023年6月，学院下设4系1中心，开设3个本科培养专业。

系：物理学系、现代物理系、光电科学系、声科学与工程系

本科培养专业：物理学、应用物理学、声学

截至2023年6月，学院有教授105人、副教授41人，其中包括中国科学院院士8人、“973”项目首席专家9人、教育部长江学者特聘教授19人、教育部新（跨）世纪人才36人、国家杰出青年基金获得者30人。

截至2023年10月，物理学院有1个博士后科研流动站、1个一级学科博士点、7个二级学科博士点和硕士点，有1个国家一级重点学科、3个国家二级重点学科。

博士后科研流动站：物理学（全国优秀博士后流动站）

注：●国家“双一流”学科；★一级学科国家重点学科；☆二级学科国家重点学科

大学物理教学实验中心是国家物理学基础学科人才培养基地和国家物理实验教学示范中心。

国家级一流本科专业建设点：物理学（2019年度入选）、声学（2020年度入选）

历史教学成果详见参考资料《南大物理百年》

截至2023年6月，学院建有人工微结构科学与技术协同创新中心（牵头建设）、南京微结构国家实验室（筹）、固体微结构物理国家重点实验室、近代声学教育部重点实验室&声学研究所、江苏省高技术研究重点实验室（纳米技术）、生物医学物理研究所、环境材料与再生能源研究中心、超导物理与材料研究中心、物质科学前沿理论研究中心等研究机构，拥有国家自然科学基金委创新团队2个、教育部创新团队3个、江苏省创新团队2个、江苏省“青蓝工程”创新团队1个。

《物理学大辞典》是北京科学出版社项目《自然科学大辞典系列》的物理学卷部分，该项目被列入新闻出版总署新闻出版改革发展项目库，并于2011年获得国家出版基金支持。《物理学大辞典》卷由南京大学物理学院负责撰写，主编为都有为院士，主要撰写者为物理学院工作在第一线的教师。从筹备、组织、撰写，审稿到正式出版，历时6年。

历史科研成果详见参考资料《南大物理百年》

《物理学进展》（Progress in Physics, PIP）创刊于1981年，是中国国内最早刊登物理学评述性论文的刊物之一。该刊由中国物理学会主办、南京大学协办，中国科学技术协会主管，为双月刊，中国国内外公开发行，入选国家中文核心期刊，中英文文章皆可刊登。物理学进展编辑部设在南京大学物理学院内。

该刊介绍物理学各分支学科的进展和成就，既着重反映物理学前沿的重大突破和新兴领域中的活跃状态，也反映传统分支学科中出现的引人注目的新动向。对于和物理学有关的交叉学科，则采用物理学工作者所熟悉的语言来描述这些领域中的新进展。同时也充分注意和及时介绍物理学的新应用以及其他学科和技术对物理学所提出的新课题。论文由中外学者撰稿，形式多样，包括对某一专题全面的总结评论；对新概念、新理论仔细讲解和系统论述；对某一研究领域的学术见解和展望；对中国国内外较为出色的工作成果的总结汇报；和对新重要发现进行及时的报道并给予可能的评价等等。

院徽设计以草书的“物”字为主体，图案左边像树、右边似“人”，让人想到“牛顿与苹果树”的故事，下方地面的圆弧以及右上角代表天空的部分弧线代表万有引力定律——物理学的基石。左边“Ψ”是量子力学里常用来表示波函数的符号；右边渺小的“人”和弧线的下半部分形如“万”，上半部分形如树苗，上下结合又形如有着很多支流的大江大河，构成“天地万物” ，体现“原天地之美而达万物之理”的思想内涵。

在探究的路上，“人”面对代表自然的树微微弯腰的动作展现了物理工作者“纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行”的学习态度，体现了“实践才是检验真理的唯一标准”的思想，下方“1915”标明了南大物理学科的起点。整个标志为蓝色，代表智慧、科技、稳重、理性，寓意南大物院严谨认真的科学态度。

2015年10月17日，南京大学物理学科成立100周年庆祝大会在仙林校区体育馆举行，海内外物理学科校友、院士，南京大学相关部处和院系领导，各有关高校领导和嘉宾以及对南京大学物理学科发展作出突出贡献的各界人士，与南京大学师生共同参加庆祝盛典。

2024年4月，网传一报考南京大学物理学院研究生学位的男子，专业课成绩排名第一却被注明“复试不合格”，原因疑似是其思想品德考核不过关。此前，有多名网友在网络平台向学校反映该考生“曾在学校宿舍录视频虐猫”。

2024年4月7日上午，兰州大学核科学与技术学院一工作人员称，学校学院已了解到相关信息，学院会严格按照招生复试程序进行，之后可关注学院官网信息了解相关情况。根据该学院同日发布的《2024年硕士研究生调剂考生招生复试安排》显示，该学院硕士研究生调剂复试于4月7日上午开始资格审查环节，下午进行专业课笔试，4月8日开始面试。