南京大学环境学院是南京大学下设的二级学院。

1978年，原国家教委批准成立南京大学环境科学研究所。

1984年，南京大学环境科学系正式成立，招收环境化学和环境生物学两个专业方向的本科生。

1989年，原国家计划委员会批准建设“污染控制与资源化研究国家重点实验室” （与同济大学共建），1991年开始建设，1995年通过验收。

1993年，更名为环境科学与工程系。

1999年，南京大学环境学院成立。

2000年，获环境科学与工程学科一级学科博士学位授予权。

2007年，环境科学国家重点学科通过评估。

2008年，环境工程成为国家重点学科培育点。

2009年，“环境科学与工程国家级实验教学示范中心”获教育部批准建设，“国家有机毒物污染控制与资源化工程技术研究中心” 获科技部批准建设。

2010年，南京大学环境学院整体搬迁南京大学仙林校区。

2013年，“国家有机毒物污染控制与资源化工程技术研究中心”通过科技部验收，“社会经济环境国家级虚拟仿真实验教学示范中心”获教育部批准建设。

2017年，环境科学与工程入选国家双一流学科。

根据2022年2月学院官网信息显示，学院有国家重点实验室1个，国家工程技术研究中心1个，清洁水协同创新中心1个，省部级科研机构6个，校级科研机构7个，产学研合作平台14个。学院还拥有国家自然科学基金创新研究群体1个、教育部/科技部/江苏省/中石化协会创新团队5个。

国家重点实验室：污染控制与资源化研究国家重点实验室

国家工程技术研究中心：国家有机毒物污染控制与资源化工程技术研究中心

清洁水协同创新中心：水污染控制先进技术与装备协同创新中心

省部级科研机构：教育部水处理与水环境修复工程研究中心、国家环境保护有机化工废水处理与资源化工程技术中心、南京大学环境科学研究所、江苏省农村环境保护与生态修复工程中心、南京大学-江苏省环境保护厅环境管理与政策研究中心、江苏省大气污染控制联合实验室

校级科研机构：南京大学地球关键带科学与技术国际研究中心、南京大学国际环境科学中心、南京大学环境纳米技术研究中心、南京大学湖沼研究中心、南京大学有毒化学品环境安全研究中心、南京大学环境健康与生态风险研究所、南京大学EHS研究中心

产学研合作平台：南京大学宜兴环保研究院、南京大学盐城环保技术与工程研究院、泉州南京大学环保产业研究院、南京大学常高新国际环保产业技术研究院、南京大学（溧水）生态环境研究院、南京扬子江生态文明创新中心、南京环保产业创新中心有限公司、南京大学重庆创新研究院、南京江岛环境科技研究院有限公司、南京大学江宁环保技术创新研究院、南京大学绿色发展与清洁技术研究院、南京博域环保技术研究院、南京盛滨环境研究院有限公司、南京全凯生物基材料研究院

根据2022年2月学院官网信息显示，学院获得国家自然科学二等奖1项、国家科技进步二等奖2项、国家技术发明二等奖1项，省部级科技奖励一等奖6项；主持国家水专项、科技支撑、国家自然科学基金、国家重点研发计划、国际合作等研究项目（课题）200余项，到账科研经费约5.78亿元；以通讯作者单位在Nature Communications、PNAS、ES&T、Water Research等学科权威刊物上发表SCI论文250多篇；五年内授权发明专利488项（其中国际专利61项）。

学院领衔建立了国际标准化组织（ISO）工业水回用分委会，牵头发布ISO及国内标准24项，主持和参与制定了15项国家和省部科技与行业发展战略规划。

根据2022年2月学院官网信息显示，学院设环境科学系、环境工程系、环境规划与管理系3个系，开设3个本科专业与一个实验班，分别为环境科学专业、环境工程专业、环境规划与管理专业和环境健康实验班。

根据2022年2月学院官网信息显示，学院有专任教师85人，其中中国工程院院士3人、国家教学名师1人，国家杰出青年科学基金获得者8人、国家优秀青年科学基金获得者16人，中组部国家级人才计划入选者和国家高层次人才计划科技创新领军人才5人、中组部国家级青年人才计划入选者和国家高层次人才计划青年拔尖人才获得者5人，江苏省杰出青年基金获得者8人。

中国工程院院士：张全兴（专职）、任洪强（专职）、庞国芳（双聘）

国家杰出青年科学基金获得者：李爱民、周东美、罗义、张炳、潘丙才、袁增伟、张徐祥、毛亮

国家高层次人才计划科技创新领军人才：李爱民、潘丙才、张效伟、张炜铭

国家自然科学基金优秀青年科学基金获得者：谷成、袁增伟、张炳、张效伟、张淑娟、刘福强、瞿晓磊、缪爱军、黄蕾、赵瑜、史薇、崔昕毅、吴兵、韦斯、历红波、张孝林

国家高层次人才计划青年拔尖人才：潘丙才、张炳、毛亮、赵瑜

国家级青年人才：谷成

根据2022年2月学院官网信息显示，学院有国家级一流本科专业建设点2个，国家级实验教学中心1个，国家级虚拟仿真实验教学中心1个，有国家级专业精品课程3个、省部级专业精品课程5个。

国家级一流本科专业建设点：环境科学、环境工程

国家级实验教学中心：南京大学环境科学与工程国家级实验教学示范中心

国家级虚拟仿真实验教学中心：社会经济环境系统国家级虚拟仿真实验教学中心

国家“双一流建设”学科：环境科学与工程

江苏省重点建设优势学科：环境科学与工程

博士后科研流动站：环境科学与工程

一级学科博士点：环境科学与工程

专业学位博士授权类别：资源与环境

二级学科硕士点：环境科学、环境工程

专业学位硕士授权类别：资源与环境

根据2022年2月学院官网信息显示，学院建有国家级111引智基地等3个国际合作交流平台，与美国哈佛大学等16所世界一流高校共建本科生交流培养互换机制，开设国际科考、联合国实习等项目。此外，学院与英国利兹大学、美国辛辛那提大学分别开展了博士联合培养项目。

南京大学环境学院和加拿大特伦特大学联合世界20所顶级大学、研究机构共同建立了 “国际环境科学中心”（International Institute for Environmental Studies），该中心是一所国际性环境科学与政策研究机构。