南京大学社会学系具有悠久的历史。前者源于1928年成立的
国立中央大学社会学系，以及更早成立的
金陵大学社会学系；后者源于1920年成立的南京高等师范学校心理学系。第一任系主任为
宋林飞教授，第二任系主任为
周晓虹教授，现任系主任为
风笑天教授。
前者的创始人为著名社会学家、民国中央政府教育部高等教育司司长
孙本文教授；后者的创始人为社会学家
柯象峰教授。
1983年，在社会学被取消30余年后，南京大学成立了社会学研究室；随后于1986年被批准建立社会学硕士点，成为国内第一批恢复社会学的综合性大学之一。1988年，南京大学成立社会学系，设立社会学专业（原为经济社会学）。
2001年被
江苏省人民政府确立为“江苏省重点学科”，并因此确立了南京大学社会学系为中国
社会学研究重镇的地位。