南京市人民政府（Nanjing Municipal People's Government）是中华人民共和国江苏省南京市的国家行政管理机关，是南京市人民代表大会的执行机关，对南京市人民代表大会和江苏省人民政府负责并报告工作；在南京市人民代表大会闭会期间，对南京市人民代表大会常务委员会负责并报告工作。

根据《中华人民共和国地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》第四章第三节第七十三条，南京市人民政府行使下列职权：

（一）执行本级人民代表大会及其常务委员会的决议，以及上级国家行政机关的决定和命令，规定行政措施，发布决定和命令；

（二）领导所属各工作部门和下级人民政府的工作；

（三）改变或者撤销所属各工作部门的不适当的命令、指示和下级人民政府的不适当的决定、命令；

（四）依照法律的规定任免、培训、考核和奖惩国家行政机关工作人员；

（五）编制和执行国民经济和社会发展规划纲要、计划和预算，管理本行政区域内的经济、教育、科学、文化、卫生、体育、城乡建设等事业和生态环境保护、自然资源、财政、民政、社会保障、公安、民族事务、司法行政、人口与计划生育等行政工作；

（六）保护社会主义的全民所有的财产和劳动群众集体所有的财产，保护公民私人所有的合法财产，维护社会秩序，保障公民的人身权利、民主权利和其他权利；

（七）履行国有资产管理职责；

（八）保护各种经济组织的合法权益；

（九）铸牢中华民族共同体意识，促进各民族广泛交往交流交融，保障少数民族的合法权利和利益，保障少数民族保持或者改革自己的风俗习惯的自由，帮助本行政区域内的民族自治地方依照宪法和法律实行区域自治，帮助各少数民族发展政治、经济和文化的建设事业；

（十）保障宪法和法律赋予妇女的男女平等、同工同酬和婚姻自由等各项权利；

（十一）办理上级国家行政机关交办的其他事项。

2019年1月3日，经中央机构编制委员会履行备案审查程序，江苏省委、省政府批准《南京市机构改革方案》。1月4日，南京市召开市级机构改革动员部署会议。机构改革后，南京市共设置市级政府工作部门40个。

重点：新组建机构上下对应设置

在机构组建上，南京市严格按照中央和省要求对应设置，在市级组建市规划和自然资源局、生态环境局、农业农村局、文化和旅游局、卫生健康委员会、退役军人事务局、应急管理局、市场监督管理局、医疗保障局、科学技术局、工业和信息化局、地方金融监督管理局等12个部门，重新组建市司法局、政务服务管理办公室等2个部门。另涉及职责调整的部门共19个。改革后不再保留的部门共25个。比如将市国土资源局（不再保留）、市规划局（不再保留）的职责，以及市发改委组织编制主体功能区规划职责，市水务局水资源调查和确权登记管理职责，市绿化园林局森林、湿地等资源调查和确权登记管理职责整合，组建市规划和自然资源局。将市环境保护局（不再保留）的职责，以及市发改委应对气候变化和减排职责，市国土资源局监督防止地下水污染职责，市水务局编制水功能区划、排污口设置管理和流域水环境职责，市农委监督指导农业面源污染治理职责整合，组建市生态环境局。

特色：服务创新名城建设

按照中央关于“各地可以在一些领域因地制宜设置机构”的要求，此次改革南京市保留了既有城市特色机构，在此基础上增设市投资促进局、市大数据管理局。南京市投资促进局将聚焦“创新名城”建设，聚焦主导产业布局，聚焦产业地标打造，承接全市招商引资工作的系统谋划、统筹协调和督查督办，进一步统筹产业布局、优化资源配置、强化驻外招引，集聚科技优势打造产业集群，促进校企融合实现成果转化。南京市大数据管理局，则将实现大数据开放共享、产业发展、开发应用、电子政务等优势有机整合，破除“数据孤岛”，共享数据信息，推进数据联通，建设领跑全省、示范全国、面向全球的新型智慧城市。

2024年1月，中共中央办公厅、国务院办公厅印发《南京市机构改革方案》。1月5日，南京市机构改革动员部署会召开。

2021年12月17日上午，东南大学与南京市人民政府、华为技术有限公司举办签约仪式，深入开展运动健康领域合作。