南京市博物总馆（Nanjing Museum Administration）隶属于南京市文化和旅游局，是国家一级博物馆，实行总、分馆制，总馆成立于2014年，是融汇南京古代史、近现代史、革命史、城市史、考古、文保、民俗与非遗等诸多门类的综合性历史艺术类博物馆。

南京市博物总馆成立后，按照机制创新、人才交流、资源共享、合作互惠的原则，充分发挥市属文博场馆及文物藏品的作用，开拓创新，实现藏品打通、人才打通、管理打通和服务打通。逐步在全市形成统一、规范的博物馆管理和服务体制，在文物藏品、陈列展览、学术研究、社会服务以及文创产品开发等方面产生集约化效应，促进南京文博事业健康、快速、可持续发展。

2017年，南京市博物总馆创立的博物馆“总分馆制”被写入国家文物局提升博物馆陈列展览质量的指导意见。

南京市博物总馆汇聚南京市博物馆（朝天宫）、太平天国历史博物馆（瞻园）、中国共产党代表团梅园新村纪念馆、南京市民俗博物馆（甘熙宅第）、渡江胜利纪念馆、江宁织造博物馆、六朝博物馆7家市属文博场馆。

2021年10月，南京市博物总馆的“京电号”小火轮保护修复项目被国家文物局评选为“2021全国优秀文物藏品修复项目”。

2022年3月，南京市博物总馆渡江胜利纪念馆的再造“胜利之舟”——渡江胜利纪念馆基本陈列改造提升项目，入选第三届（2021）全国革命文物保护利用十佳案例名单。

2022年7月，南京市博物总馆申报的“天翻地覆慨而慷——渡江战役胜利暨南京解放展”获江苏省2022年度“弘扬中华优秀传统文化、培育社会主义核心价值观”主题展览省级重点推介项目。

2022年8月，南京市博物总馆的“六朝历史文明展”获“新时代博物馆百大陈列展览精品奖”。

2023年1月，南京市博物总馆入选2022年度全国热搜博物馆百强榜单。