学校前身为1985年创建成立的
南京市南湖第一中学(简称“南湖一中”);1990年(一说1988年)增设高中部,成为一所
完全中学;2003年12月,南湖一中初中部创建为“江苏省教育现代化示范初中”;2004年8月因教育布局调整,南湖一中初、高中剥离,高中部与
南京市上新河中学高中部整合为“
南京市南湖高级中学”(简称“南湖高级中学”),原南湖一中高中部迁入文体路99号新校址(南苑校区)办学,初中部留在
文体村校址独立办学;2016年6月,根据区域教育布局的进一步调整,建邺区人民政府将南湖一中正式更名为“南京市建邺初级中学”,并搬迁至
集庆门大街发园18号新校址办学。
据2016年5月学校官方网站显示,学校总占地面积为22290平方米,校舍建筑面积9628平方米,生均占地面积40.6平方米,生均建筑面积17.54平方米;有普通教室24间,物理实验室2个,化学实验室2个,生物实验室2个,音乐室、美术室、舞蹈室、室内篮球场等专用教室设施配套完备;还拥有计算机网络教室2间,配备先进的校园广播系统,实现校园无线网络全覆盖;图书馆藏书达3.7万余册,生均68.3册。