1951年1月，南京市第四区召开第一次各界人民代表会议，成立各界人民代表会议协商委员会（简称区协商会）。区协商会协助区人民政府贯彻市人民政府的各项政策法令和市、区各界人民代表会议的决议，向人民政府反映人民的意见和要求。
1962年1月，成立中国人民政治协商会议江苏省南京市建邺区筹备委员会，协商研究参加单位、名额分配、委员人选的产生原则、方法步骤和会议的有关工作。同年2月，召开区政协一届一次会议，至1965年共召开两届。在此期间，区政协贯彻“长期共存、互相监督”的方针，围绕全区的各项工作和人民群众关心的重要问题，开展协商讨论，提高思想认识，增强统一战线内部团结，贯彻国民经济“调整、巩固、充实、提高”的方针，克服困难，推进社会主义建设。
新的历史时期，区政协在中共建邺区委的领导和南京市政协的指导下，高举爱国主义、社会主义旗帜，坚持团结和民主两大主题，紧紧围绕党政中心工作，按照协调关系、汇聚力量、建言献策、服务大局的要求，认真履行政治协商、民主监督、参政议政职能，切实发挥政协协商民主重要渠道作用，为建设现代化国际性城市中心作出了积极贡献。
2022年1月7日召开政协南京市建邺区第十三届委员会第一次全体会议，会议选举
曹曙为主席，
刘嬿、彭卫芳、
张进发、
章泳为副主席，丁伟为秘书长及常务委员32名。2023年1月3日召开政协南京市建邺区第十三届委员会第二次全体会议，会议选举
熊程为副主席及常务委员1名。
南京市建邺区政协共7个内设机构：办公室（研究室）、提案委员会、委员工作委员会、经济科技委员会、人口资源环境（城市建设）委员会、教卫文体（文史）委员会、社会法制（民族宗教）委员会；6个派出机构：莫愁湖街道工作委员会、兴隆街道工作委员会、南苑街道工作委员会、沙洲街道工作委员会、双闸街道工作委员会、江心洲街道工作委员会。