南京市第三十九中学是
南京市鼓楼区的一所公办
初级中学，创建于1957年8月，2009年8月，高中部并入
南京市第十二中学，初中部独立为南京市第三十九中学。现有34个教学班，在校师生1900名。学校占地面积15000多平方米，校园绿化成荫，环境整洁优美。
拥有200米环形跑道的田径场和1600平方米的室外篮球场、排球场，建有现代化教学大楼三幢、办公实验楼二幢、功能完善的室内体育馆一座,拥有设施齐全的现代化计算机教师、语音室、理化生实验室、多功能教室、图书馆、教师阅览室和学生阅览室；还有配套的食堂、餐厅。2000年4月份学校被评为南京市重点中学。
南京市第三十九中学创建于1957年8月，原名“方家营初级中学”。1972年1月，方家营中学正式更名为“南京市第三十九中学”，同年7月，开始创办高中。2000年学校顺利通过南京市重点高中的验收，实现了学校建校43年来办学规模、质量、水平最大的一次飞跃。2003年学校通过了南京市美术特色学校的审批，2004年6月，区委区政府作出“三校合并，初高中分设，做大做强三十九中”的战略决策，将原三十九中、铁路一中、铁路二中合并为新的三十九中。2009年8月，学校高中部并入南京市第十二中学，初中部独立为南京市第三十九中学。2017年10月学校举办六十年校庆，完成了校园的升级美化。2022年8月，学校实行党组织领导的校长负责制。
学校德育工作成绩显著，于2000年12月顺利通过南京市德育先进学校的验收；智育工作常抓不懈，初中教学质量一直稳步提高，体育工作已形成以篮球、排球、田径以及击剑为重点，其他项目全面发展的特色，校篮球队、排球队、田径队多次在市运动会上获得优异成绩；多年来，学校先后向高一级学校输送了一批又一批体育优秀人才。特别是校击剑队，曾荣获省和市多次奖项。高中艺术类教学教育特色鲜明、硕果累累，学校已培养出一大批音乐、美术类大学生。学校连续多年被市、区评为“文明学校”、“先进集体”、“体育传统项目学校”等。