幼儿园始建于1946年，当时为宋美龄女士委托国民党社会总部开办的“儿童福利站”，1948年建成招生。1949年由政府接管主办，改名为“南京市民主妇联托儿所”。1956年正式命名为“南京市第三幼儿园”是隶属于教委的
寄宿制幼儿园。
园内环境优美、设施一流，活动大楼造型美观，风格独特；大型运动器具、海洋球、蹦蹦床、戏水池等设备一应俱全；电脑、音体、美工、阅读、科学发现等专用活动室使孩子们流连忘返；各班活动室、寝室温馨敞亮，配置了钢琴、空调、电视机、VCD机、消毒柜、热水器等，幼儿园真正成为孩子们生活、游戏、学习、创造、健康成长的快乐天地。
全园有60余名教职工，是一支关心幼儿、热爱事业、不断进取的教工队伍。通过教职工的不协努力，幼儿园于1988年成为首批通过的优质幼儿园，1996年被定为区启动教育现代化工程试点园；1997年被评为江苏省示范性实验幼儿园；2000年被评为江苏省绿色幼儿园；多次获得文明单位、绿化先进单位、先进教工之家、先进家长学校等光荣称号。
三幼以“一切为了孩子的发展”为办园宗旨，积极从事幼儿美育（包括生态式美育课程、美术欣赏与创作、幼儿园美术自主游戏）及寄宿制幼儿园办园模式、幼儿主体潜能识字等方面的教育科研，在促进幼儿体、智、德、美全面发展的基础上逐步形成了幼儿园的美育特色。1992年被评为南京市美工特色园，在全市及至省内外均有广泛的影响。先后编辑出版了《幼儿园音乐游戏集》、《幼儿美的探求课题》、《幼儿园美术活动设计》等书籍，幼儿的作品也多次送展中国香港地区、日本、瑞士等国家和地区并获奖。