南京市考古研究所位于
南京市秦淮区
莫愁路188号，是南京市博物总馆分支机构，坐落于江南最大明清古建筑群、国家4A景区、全国重点文物保护单位
朝天宫景区内。前身为1949年成立的南京市文物事业管理委员会下设的文物组。
2014年4月，
南京市博物馆考古部升级成立南京市考古研究所，作为南京市博物总馆下设的正处级单位之一。
南京市考古研究所及其前身，依托
南京的历史文化资源，配合南京的城市建设，开展各类考古工作，在
汤山古人类化石，
六朝墓葬、城址，以及明代功臣墓葬、城垣、造船厂的发掘和研究方面取得了较为重要的成果，有三项考古工作先后获评年度“
全国十大考古新发现”，在中国具有重要的影响。