1962年学校始建，原名为“南京市唐山路中学”，后与“中山桥中学”合并，更名为“南京市第四十一中学”。1984年，南京市人民政府决定恢复南京师范专科学校并设校址于南京四十一中，为支持师专办学，学校停办了高中，并于1985年更名为“南京师范专科学校附属中学”。后因南京市教育布局调整，南京师范专科学校升格为
南京晓庄学院，为沿袭历史，同时引入名校的优质教育资源，经南京市人民政府批准，学校于2006年3月又更名为“南京晓庄学院附属中学”，并增挂“南京市第一中学分校”校牌。2019年8月变更为“南京师范大学附属中学实验初级中学”。
学校先后被评为江苏省实施教育现代化工程示范初中、江苏省文明单位、江苏省数字化学习试点学校、江苏省巾帼示范岗、南京市德育先进学校、南京市心理教育实验学校、南京市三八红旗集体、南京市中小学科技创新星光基地学校、南京市课程改革先进集体、推进素质教育示范学校、南京市智慧校园建设示范学校、国际合作与交流窗口学校、“教育现代化初中”培育校，先后荣获南京市师德建设年管理机制奖和第三方满意度奖、南京市德育工作创新奖、安全工作优秀单位、全国青少年无人机大赛优秀组织奖等。